Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAACTAATTGGTAAGCTACAAGATGGTACCGCTTTTTTGAAAAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaatctgctagtgtcctcattcctctgcatccactatttatgtttttttggtcaaataaattcattgttttgaggtgatgaacaga

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G32830.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193333217|gb|FK298751.1|FK298751
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|193549508|gb|FK510549.1|FK510549
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|193668794|gb|FK609028.1|FK609028
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|298183231|gb|HO028216.1|HO028216
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|208034341|gb|GD833411.1|GD833411
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|192334305|gb|FK024404.1|FK024404
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|17400187|gb|BM176969.1|BM176969
EST:     AA-GGAGATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|193610133|gb|FK565697.1|FK565697
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|193555373|gb|FK511044.1|FK511044
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGG                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|13790585|gb|BG653176.1|BG653176
EST:     GAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAATA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: GAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|208258582|gb|GE055029.1|GE055029
EST:     TTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: TTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|207801684|gb|GD775168.1|GD775168
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|193467266|gb|FK434367.1|FK434367
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|151413161|gb|EV282969.1|EV282969
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|208270880|gb|GE066122.1|GE066122
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|193618551|gb|FK566683.1|FK566683
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|207834832|gb|GD808595.1|GD808595
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|193551876|gb|FK507289.1|FK507289
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|208315086|gb|GE113078.1|GE113078
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|151412679|gb|EV282491.1|EV282491
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|192316447|gb|FK008180.1|FK008180
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|193656286|gb|FK603346.1|FK603346
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGG                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|193631753|gb|FK582744.1|FK582744
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATAAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|208315913|gb|GE110615.1|GE110615
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|193323915|gb|FK290095.1|FK290095
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|208234692|gb|GE031495.1|GE031495
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|6724715|gb|AW309048.1|AW309048
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|193528361|gb|FK483919.1|FK483919
EST:     AATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|208073690|gb|GD872815.1|GD872815
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTC-AAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|193439231|gb|FK404440.1|FK404440
EST:     GGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: GGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|208160855|gb|GD965535.1|GD965535
EST:     ATTCAAAACAGTTGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: ATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|207739848|gb|GD717048.1|GD717048
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|208104577|gb|GD904554.1|GD904554
EST:     AATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|192316448|gb|FK008181.1|FK008181
EST:     AGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|193449677|gb|FK416516.1|FK416516
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|193650836|gb|FK600355.1|FK600355
EST:     CCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: CCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
EST: gi|208265572|gb|GE063100.1|GE063100
EST:     AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGA                         ACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA
genomic: AAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaa ... gatgaacagaACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAAACTAATTGGTAAGCTACAAGATGGTACCGCTTTTTTGAAAAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGGtaacttgaaatctgctagtgtcctcattcctctgcatccactatttatgtttttttggtcaaataaattcattgttttgaggtgatgaacaga

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG