1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
GTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTCgtaagtttttatataccctctatttttccttctcattgctattttgttttgtggtgtactatagatattttgttggaaatgcagatacctgaatttatat...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G05530.4 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTC TGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGAAGACAGGCCGTTCCAGGGGATTTGGEST: gi|207753671|gb|GD723269.1|GD723269
genomic: GTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTCgtaagttttt ... ttggttacagTGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGAAGACAGGCCGTTCCAGGGGATTTGG
EST: GTTACAGATGCGACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTC TGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGAAGACAGGCCGTTCCAGGGGATTTGGEST: gi|208252931|gb|GE056729.1|GE056729
genomic: GTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTCgtaagttttt ... ttggttacagTGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGAAGACAGGCCGTTCCAGGGGATTTGG
EST: GTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTC TGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGAAGACAGGCCGTTCCAGGGGATTTGGEST: gi|193443462|gb|FK409208.1|FK409208
genomic: GTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTCgtaagttttt ... ttggttacagTGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGAAGACAGGCCGTTCCAGGGGATTTGG
EST: GTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTC TGATGCAAGGGEST: gi|207772228|gb|GD743577.1|GD743577
genomic: GTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTCgtaagttttt ... ttggttacagTGATGCAAGGG
EST: GTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTCGTTC TGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGAAGACAGGCCGTTCCAGGGGATTTGGEST: gi|7925242|gb|AW831268.1|AW831268
genomic: GTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTCgtaagttttt ... ttggttacagTGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGAAGACAGGCCGTTCCAGGGGATTTGG
EST: CTGTATATCCTAGTTGTTC TGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGAAGACAGGCCGTTCCAGGGGATTTGGEST: gi|208092308|gb|GD889373.1|GD889373
genomic: CTGTATATCCTAGTTGTTCgtaagttttt ... ttggttacagTGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGAAGACAGGCCGTTCCAGGGGATTTGG
EST: GTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTC TGATGCAAGGGTAAEST: gi|208049063|gb|GD846664.1|GD846664
genomic: GTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTCgtaagttttt ... ttggttacagTGATGCAAGGGTAA
EST: TCCTAGTTGTTC TGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGAAGACAGGCCGTTCCAGGGGATTTGGEST: gi|5175311|gb|AI759644.1|AI759644
genomic: TCCTAGTTGTTCgtaagttttt ... ttggttacagTGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGAAGACAGGCCGTTCCAGGGGATTTGG
EST: GTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTC TGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGAAGACAGGCCGTTCCAGGGGATTTGGEST: gi|11274392|gb|BF324745.1|BF324745
genomic: GTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTCgtaagttttt ... ttggttacagTGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGAAGACAGGCCGTTCCAGGGGATTTGG
EST: TTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTGTGTATATGCCTA-TTGGTC TGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGAAEST: gi|6454619|gb|AW185302.1|AW185302
genomic: TTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATAT-CCTAGTTGTTCgtaagttttt ... ttggttacagTGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGAA
EST: GTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTC TGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGAAGACAGGCCGTTCCAGGGGATTTGGEST: gi|208092344|gb|GD889381.1|GD889381
genomic: GTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTCgtaagttttt ... ttggttacagTGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGAAGACAGGCCGTTCCAGGGGATTTGG
EST: ATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATCTCCTAGTTGTTC TGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGAAGACAGGCCGTTCCAGGGGATTTGGEST: gi|21889247|gb|BQ742460.1|BQ742460
genomic: ATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTCgtaagttttt ... ttggttacagTGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGAAGACAGGCCGTTCCAGGGGATTTGG
EST: GTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTC TGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGAAGACAGGCCGTTCCAGGGGATTTGGEST: gi|208171149|gb|GD967892.1|GD967892
genomic: GTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTCgtaagttttt ... ttggttacagTGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGAAGACAGGCCGTTCCAGGGGATTTGG
EST: GTTACAGATGCGACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTC TGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGGAGACAGGCCGTTCCAGGGGATTTGGEST: gi|208277576|gb|GE079567.1|GE079567
genomic: GTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTCgtaagttttt ... ttggttacagTGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGAAGACAGGCCGTTCCAGGGGATTTGG
EST: GTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTC TGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGAAGACAGGCCGTTCCAGGGGATTTGG
genomic: GTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTCgtaagttttt ... ttggttacagTGATGCAAGGGTAATGTGGGATCAGAAGACAGGCCGTTCCAGGGGATTTGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTCACTTTAATATTTTTGTCGGTGACCTTAGTCCTGAGGTTACAGATGCCACATTGTATGCTTGCTTCTCTGTATATCCTAGTTGTTCgtaagtttttatataccctctatttttccttctcattgctattttgttttgtggtgtactatagatattttgttggaaatgcagatacctgaatttatat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG