Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTATCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCAGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTGgtgagcatctgatgttgaataattttcatttatggtgacttatgttttccaaaagattatggtctagagtctagacaatgcattccttgtagtgatgaattgatgacaagtgttgaatactgtacatttatcttttttgtttcatctgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G17580.2
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208167092|gb|GD962994.1|GD962994
EST:     TCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCAGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTG                         ATATGTGGGCAATGGGTGCTATAATGGCTGAGTTGTTCACTCTGCGTCCTC
genomic: TCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCAGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTGgtgagcatct ... tcatctgcagATATGTGGGCAATGGGTGCTATAATGGCTGAGTTGTTCACTCTGCGTCCTC
EST: gi|193718080|gb|FK653378.1|FK653378
EST:     TCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCAGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTG                         ATATGTGGGCAATGGGTGCTATAATGGCTGAGTTGTTCACTCTGCGTCCTC
genomic: TCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCAGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTGgtgagcatct ... tcatctgcagATATGTGGGCAATGGGTGCTATAATGGCTGAGTTGTTCACTCTGCGTCCTC
EST: gi|193495067|gb|FK460199.1|FK460199
EST:     TCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCAGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTG                         ATATGTGGGCAATGGGTGCTATAATGGCTGAGTTGTTCACTCTGCGTCCTC
genomic: TCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCAGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTGgtgagcatct ... tcatctgcagATATGTGGGCAATGGGTGCTATAATGGCTGAGTTGTTCACTCTGCGTCCTC
EST: gi|208299186|gb|GE100085.1|GE100085
EST:     TCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCAGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTG                         ATATGTGGGCAATGGGTGCTATAATGGCTGAGTTGTTCACTCTGCGTCCTC
genomic: TCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCAGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTGgtgagcatct ... tcatctgcagATATGTGGGCAATGGGTGCTATAATGGCTGAGTTGTTCACTCTGCGTCCTC
EST: gi|193599933|gb|FK550734.1|FK550734
EST:     TCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCAGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTG                         ATATGTGGGCAATGGGTGCTATAATGGCTGAGTTGTTCACTCTGCGTCCTC
genomic: TCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCAGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTGgtgagcatct ... tcatctgcagATATGTGGGCAATGGGTGCTATAATGGCTGAGTTGTTCACTCTGCGTCCTC
EST: gi|208169630|gb|GD967787.1|GD967787
EST:     TCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCAGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTG                         ATATGTGGGCAATGGGTGCTATAATGGCTGAGTTGTTCACTCTGCGTCCTC
genomic: TCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCAGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTGgtgagcatct ... tcatctgcagATATGTGGGCAATGGGTGCTATAATGGCTGAGTTGTTCACTCTGCGTCCTC
EST: gi|193345679|gb|FK313762.1|FK313762
EST:     TCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCAGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTG                         ATATGTGGGCAATGGGTGCTATAATGGCTGAGTTGTTCACTCTGCGTCCTC
genomic: TCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCAGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTGgtgagcatct ... tcatctgcagATATGTGGGCAATGGGTGCTATAATGGCTGAGTTGTTCACTCTGCGTCCTC
EST: gi|193423617|gb|FK387282.1|FK387282
EST:     TCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCAGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTG                         ATATGTGGGCAATGGGTGCTATAATGGCTGAGTTGTTCACTCTGCGTCCTC
genomic: TCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCAGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTGgtgagcatct ... tcatctgcagATATGTGGGCAATGGGTGCTATAATGGCTGAGTTGTTCACTCTGCGTCCTC
EST: gi|207727178|gb|GD701128.1|GD701128
EST:     TCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCGGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTG                         ATATGTGGGCAATGGGTGCTATAATGGCTGAGTTGTTCACTCTGCGTCCTC
genomic: TCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCAGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTGgtgagcatct ... tcatctgcagATATGTGGGCAATGGGTGCTATAATGGCTGAGTTGTTCACTCTGCGTCCTC
EST: gi|193651862|gb|FK595565.1|FK595565
EST:     TCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCAGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTG                         ATATGTGGGCAATGGGTGCTATAATGGCTGAGTTGTTCACTCTGCATCCTC
genomic: TCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCAGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTGgtgagcatct ... tcatctgcagATATGTGGGCAATGGGTGCTATAATGGCTGAGTTGTTCACTCTGCGTCCTC
EST: gi|12690052|gb|BG156388.1|BG156388
EST:     TCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCAGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTG                         ATATGTGGGCAATGGGTGCTATAATGGCTGAGTTGTTCACTCTGCGTCCTC
genomic: TCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCAGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTGgtgagcatct ... tcatctgcagATATGTGGGCAATGGGTGCTATAATGGCTGAGTTGTTCACTCTGCGTCCTC
EST: gi|193411420|gb|FK381551.1|FK381551
EST:     TCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCAGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTG                         ATATGTGGGCAATGGGTGCTATAATGGCTGAGTTGTTCACTCTGCGTCCTC
genomic: TCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCAGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTGgtgagcatct ... tcatctgcagATATGTGGGCAATGGGTGCTATAATGGCTGAGTTGTTCACTCTGCGTCCTC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTATCGTGCTCCTGAAGTCCTGCTTCAGTCCCATCTATATAGCTCTAAAGTTGgtgagcatctgatgttgaataattttcatttatggtgacttatgttttccaaaagattatggtctagagtctagacaatgcattccttgtagtgatgaattgatgacaagtgttgaatactgtacatttatcttttttgtttcatctgcag

- - - - -  CTGAAG