Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGGACTGACTACAATATTACACTGTGATCGCTTTAAAAATCTGTTGCCTTCTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGTgtatgctcctctaattggctttcactcactcttttcccttagtttttatagttccttagatcattgaatgatttaatgtgttgttgtacaccag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G17150.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6070525|gb|AW099912.1|AW099912
EST:     TCTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGT                         AGAGGATATCTCAGGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACAGTGAAGTTGT
genomic: TCTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGTgtatgctcct ... tgtacaccagAGAGGATATCTCAGGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACAGTGAAGTTGT
EST: gi|7590021|gb|AW705783.1|AW705783
EST:     TCTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGT                         AGAGGATATCTCANGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACAGTGAAGTTGT
genomic: TCTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGTgtatgctcct ... tgtacaccagAGAGGATATCTCAGGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACAGTGAAGTTGT
EST: gi|9986449|gb|BE660557.1|BE660557
EST:     CTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAAATGCTTGGGTATTTTGCCAATGT                         AGAGGATATTCTTAAGGAACNCCATTTCATCGAAAAGGTTCT
genomic: CTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCT-GGTTATTTTGTCAATGTgtatgctcct ... tgtacaccagAGAGGATAT-CTCA-GGAACAC-ATTTCATCGAAAAG-TTCT
EST: gi|6668069|gb|AW279520.1|AW279520
EST:     TCTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGT                         AGAGGATATCTCAGGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACAGTGAAGTTGT
genomic: TCTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGTgtatgctcct ... tgtacaccagAGAGGATATCTCAGGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACAGTGAAGTTGT
EST: gi|6455714|gb|AW186397.1|AW186397
EST:     CTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTTATTT-GTCAATGT                         AGAGGATATCTCAGGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACAGTGGAGTTGT
genomic: CTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTT-ATTTTGTCAATGTgtatgctcct ... tgtacaccagAGAGGATATCTCAGGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACAGTGAAGTTGT
EST: gi|6724652|gb|AW309107.1|AW309107
EST:     TCTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGT                         AGAGGATATCTCAGGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACAGTGAAGTTGT
genomic: TCTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGTgtatgctcct ... tgtacaccagAGAGGATATCTCAGGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACAGTGAAGTTGT
EST: gi|163921421|gb|EH038959.1|EH038959
EST:     TCTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCTAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGT                         AGAGGATATCTCAGGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACA
genomic: TCTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGTgtatgctcct ... tgtacaccagAGAGGATATCTCAGGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACA
EST: gi|151395749|gb|EV265626.1|EV265626
EST:     TCTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGT                         AGAGGATATCTCACGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACAGTGAAGTTGT
genomic: TCTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGTgtatgctcct ... tgtacaccagAGAGGATATCTCAGGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACAGTGAAGTTGT
EST: gi|151394400|gb|EV264271.1|EV264271
EST:     TCTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGT                         AGAGGATATCTCAGGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACAGTGAAGTTGT
genomic: TCTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGTgtatgctcct ... tgtacaccagAGAGGATATCTCAGGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACAGTGAAGTTGT
EST: gi|6455546|gb|AW186229.1|AW186229
EST:     TTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGT                         AGAGGATATCTCAGGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACAGTGAAGTTGT
genomic: TTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGTgtatgctcct ... tgtacaccagAGAGGATATCTCAGGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACAGTGAAGTTGT
EST: gi|6455060|gb|AW185743.1|AW185743
EST:     GTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGT                         AGAGGATATCTCAGGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACAGTGAAGTTGT
genomic: GTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGTgtatgctcct ... tgtacaccagAGAGGATATCTCAGGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACAGTGAAGTTGT
EST: gi|6668142|gb|AW279593.1|AW279593
EST:     TCTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGT                         AGAGGATATCTCATGAACACATTTCATCGAGGAGTTCTACAGTGAAGTTGT
genomic: TCTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGTgtatgctcct ... tgtacaccagAGAGGATATCTCAGGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACAGTGAAGTTGT
EST: gi|7589195|gb|AW704974.1|AW704974
EST:     TCTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGT                         AGAGGATATCTCAGGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACAGTGAAGTTGT
genomic: TCTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGTgtatgctcct ... tgtacaccagAGAGGATATCTCAGGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACAGTGAAGTTGT
EST: gi|298163578|gb|HO012311.1|HO012311
EST:     TCTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGT                         AGAGGATATCTCAGGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACAGTGAAGTTGT
genomic: TCTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGTgtatgctcct ... tgtacaccagAGAGGATATCTCAGGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACAGTGAAGTTGT
EST: gi|6341492|gb|AW164316.1|AW164316
EST:     TCTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGT                         AGAGGATATCTCAGGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACAGTGAAGTTGT
genomic: TCTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGTgtatgctcct ... tgtacaccagAGAGGATATCTCAGGAACACATTTCATCGAAAAGTTCTACAGTGAAGTTGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGGACTGACTACAATATTACACTGTGATCGCTTTAAAAATCTGTTGCCTTCTGAAGCTAATGTGAAATGTGTTCCAGATGCTGGTTATTTTGTCAATGTgtatgctcctctaattggctttcactcactcttttcccttagtttttatagttccttagatcattgaatgatttaatgtgttgttgtacaccag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG