Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCACTGGATACTTTTAATACGGCAGTGGTATCTCCTATATATTATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAGgtaagttttgttacctaactggtatagttagacactgcctgcttaattgctttaattttaagattgtatattgtataatctgtgtttgtcaaggaaatgc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G00560.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G00560.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv12s0035g00720.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
GCACTGGATACTTTTAATACGGCAGTGGTATCTCCTATATATTATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAGgtaagttttgttacctaactggtatagttagacactgcctgcttaattgctttaattttaagattgtatattgtataatctgtgtttgtcaaggaaatgc--------
|| || ||||| |||||||| || || |||||||| || || ||||||||||| ||| || | |||||| |||||||||| || ||||| |||||||   ||  |   | | | | |   |  || |     |  ||  | | | | ||      | ||| || | | | |   || | |||   |    | |        
GCCCTTGATACATTTAATACAGCCGTTGTATCTCCCATCTACTATGTTATGTTTACATCACTAACCATTTTGGCTAGTGTGATCATGTTCAAGgtaatcctt--tcattgattagaagtttccgaaatccttttattggtggatatgat------aatgtctaatatgttaatggtttctgtttggatgtttcacttcttt

upper sequence: GLYMA16G00560.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: PP1S49_181V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 7
GCACTGGATACTTTTAATACGGCAGTGGTATCTCCTATATATTATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAGgtaagttttgttacctaactggtatagttagacactgcctgcttaattgctttaattttaagattgtatattgtataatctgtgtttgtcaaggaaatgc-----------
|| ||||| || ||||| |||||| | || |||||||||||||| || ||||||||| |||| |||||  |||| |||| ||| ||||| |||||  ||  ||  ||   ||| | |       |  || ||    | |  | ||  |    || | | | | || |   |  |  || ||| |||   ||             
GCCCTGGACACATTTAACACGGCAATTGTTTCTCCTATATATTACGTCATGTTCACATCATTGACCATCCTGGCGAGTGCTATCATGTTCAAGgtttgtgctg--acgctactagca-------atcctaccattgtcaaagtttagagc--aacaatatctgtttttctaagtaggtctgtgaagatgattgatccgtacacc
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|207747556|gb|GD721675.1|GD721675
EST:     GTTATTATGTTTAAG                         GACTTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTT
genomic: GTTATTATGTTTAAGgtaagttttg ... ttgatgccagGAC-TGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTT
EST: gi|38193345|gb|CF922551.1|CF922551
EST:     ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAG                         GACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTT
genomic: ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAGgtaagttttg ... ttgatgccagGACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTT
EST: gi|208128879|gb|GD927115.1|GD927115
EST:     ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAG                         GACTGGGATAGACAAAGTCCAAC
genomic: ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAGgtaagttttg ... ttgatgccagGACTGGGATAGACAAAGTCCAAC
EST: gi|193442913|gb|FK408379.1|FK408379
EST:     TTATTATGTTTAAG                         GACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTT
genomic: TTATTATGTTTAAGgtaagttttg ... ttgatgccagGACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTT
EST: gi|58020349|gb|CX707091.1|CX707091
EST:     ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAG                         GACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTT
genomic: ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAGgtaagttttg ... ttgatgccagGACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTT
EST: gi|51343212|gb|CO983945.1|CO983945
EST:     ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAG                         GACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTT
genomic: ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAGgtaagttttg ... ttgatgccagGACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTT
EST: gi|120531881|gb|EH260014.1|EH260014
EST:     ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAG                         GACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTT
genomic: ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAGgtaagttttg ... ttgatgccagGACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTT
EST: gi|58016807|gb|CX703549.1|CX703549
EST:     ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAG                         GACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTT
genomic: ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAGgtaagttttg ... ttgatgccagGACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTT
EST: gi|6848018|gb|AW350308.1|AW350308
EST:     ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAG                         GACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTT
genomic: ATGTTATGTTCACAACATTTACCATTGTGGCTAGTGTTATTATGTTTAAGgtaagttttg ... ttgatgccagGACTGGGATAGACAAAGTCCAACACAAGTTATCACAGAAATATGTGGGTTT