Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTGgtatgtctatatatctatctctgtatattttatgagattactcaactggacatttttaagtcagatcatgattgttttgttaatatttcatgacctctac...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G19670.3
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA15G19670.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G130440_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTGgtatgtctatatatctatctctgtatattttatgagattactcaactggacatttttaagtcagatcatgattgttttgttaatatttcatgacctctac
| |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| || ||||| |  |   |  || |     || | ||   | | | |   |  || | |    |   |   ||  |||    ||   |     | | |||    |  
GTTGGAATGCTTGCATTGCTTTGGTCTGTGGAAATTGTGTCGTCTGgtaagaatggtttacttttctgataaaattccagtgctgatatacatgtatagaaattgttgccattctgaaatattgagtttggctccctgattattca

upper sequence: GLYMA15G19670.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv11s0016g00900.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTGgtatgtctatatatctatctctgtatattttatgagattactcaactggacatttttaagtcagatcatgattgttttgttaatatttcatgacctctac---
|||||||||| ||| | || ||||| |||||||| |||||||||||||| || | ||||||| ||||| |   || | || ||    | |  |||| |   | |  |||||| ||| |||||       ||||        |  |    
GATGGAATGCCTGCCTCGCATTAGTATGTGGTAATTGTGTTGTGTGgtaagt-tgtatatctgtctct-tgagttctgtgtgaggtataagttggaaacaatgacatcagatgatg-ttgttcaacatctattcttgttttttcatcta

upper sequence: GLYMA15G19670.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: EFJ38712 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 7
GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTGgtatgtctatatatctatctctgtatattttatgagattactcaactggacatttttaagtcagatcatgattgttttgttaatatttcatgacctctac
| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||| ||   | | | |  || | |    || |       | | |||| | | ||| |   || | |  |   | |   |                     
GTTGGAATGCTTGCATTGCCTTGGTCTGTGGCAACTGCGTTGTATGgtaagt---tgttttttgctttcttcgcttaacacctggatttaacttgtcctttctctctctgttgttttctctcaag---------------------

upper sequence: GLYMA15G19670.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: EFJ31432 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 7
GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTGgtatgtctatatatctatctctgtatattttatgagattactcaactggacatttttaagtcagatcatgattgttttgttaatatttcatgacctctac
| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||| ||   | | | |  || | |    || |       | | |||| |   ||| |   || | |  |   | |   |                     
GTTGGAATGCTTGCATTGCCTTGGTCTGTGGCAACTGCGTTGTATGgtaagt---tgttttttgctttcttcgcttaacacctggatttaacttgctctttctctctctgttgttttctctcaag---------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192311334|gb|FK003791.1|FK003791
EST:     GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTG                         GAAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAG
genomic: GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTGgtatgtctat ... tccattaaagGAA-GGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAG
EST: gi|254315873|gb|GR825682.1|GR825682
EST:     GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTG                         GAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAA-GCTAGT
genomic: GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTGgtatgtctat ... tccattaaagGAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGT
EST: gi|254334456|gb|GR844241.1|GR844241
EST:     CTAGGATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTG                         GAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGT
genomic: CTAGGATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTGgtatgtctat ... tccattaaagGAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGT
EST: gi|192309267|gb|FG999144.1|FG999144
EST:     TGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTG                         GAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTTGT
genomic: TGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTGgtatgtctat ... tccattaaagGAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGT
EST: gi|192311335|gb|FK003792.1|FK003792
EST:     GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTG                         GAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGT
genomic: GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTGgtatgtctat ... tccattaaagGAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGT
EST: gi|151412062|gb|EV281874.1|EV281874
EST:     GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTG                         GAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGT
genomic: GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTGgtatgtctat ... tccattaaagGAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGT
EST: gi|27446368|gb|CA953491.1|CA953491
EST:     GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTG                         GAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGT
genomic: GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTGgtatgtctat ... tccattaaagGAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGT
EST: gi|254317668|gb|GR826652.1|GR826652
EST:     GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTG                         GAAGG-TGCTCCAACAACTCCTTTGATA-CTATTGCTGTGACAAAGCTAGT
genomic: GATGGAATGCTTGCATTGCTTTAGTCTGTGGTAACTGTGTTGTGTGgtatgtctat ... tccattaaagGAAGGGTGCTCCAACAACTCCTTTGATAACTATTGCTGTGACAAAGCTAGT