1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
TTGCTGGAGATCGGCGAAGGACAGTTATGAGGCCTCCTCAAGTTCTTCGTGAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAACgtatgttaatattttatgctaaatgctgaatagttcagagtaatgtgatgaaagttgtttcacaaaacacttggccttgtttctgtgttttctgtatttt...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA14G38600.1 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AATTTTATGGATCTTATTGCAAAAC GATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCCTTCTTGCTTGCTGAATTGGEST: gi|193595184|gb|FK553917.1|FK553917
genomic: AATTTTATGGATC-TA-TGCAAAACgtatgttaat ... ttttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCCTTCTTGCTTGCTGAATTGG
EST: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAAC GATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCCTTCTTGCTTGCTGAATTGGGEST: gi|151398862|gb|EV268733.1|EV268733
genomic: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAACgtatgttaat ... ttttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCCTTCTTGCTTGCTGAATTGGG
EST: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAAC GATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCCCTCTTGCTTGCTGAATTGGGEST: gi|298182522|gb|HO031257.1|HO031257
genomic: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAACgtatgttaat ... ttttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCCTTCTTGCTTGCTGAATTGGG
EST: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAAC GATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCCTTCTTGCTCACTGAATTGGGEST: gi|298164264|gb|HO013909.1|HO013909
genomic: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAACgtatgttaat ... ttttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCCTTCTTGCTTGCTGAATTGGG
EST: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAAC GATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCCTTCTTGCTTGCTGAATTGGGEST: gi|208329511|gb|GE132576.1|GE132576
genomic: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAACgtatgttaat ... ttttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCCTTCTTGCTTGCTGAATTGGG
EST: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAAC GATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCCTTCTTGCTTGCTGAATTGGGEST: gi|9983218|gb|BE657326.1|BE657326
genomic: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAACgtatgttaat ... ttttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCCTTCTTGCTTGCTGAATTGGG
EST: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAAC GATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCCTTCTTGCTTGCTGAATTGGGEST: gi|192309791|gb|FG999920.1|FG999920
genomic: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAACgtatgttaat ... ttttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCCTTCTTGCTTGCTGAATTGGG
EST: GAGGGCGCAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAAC GATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCCTTCTTGCTTGCTGAATTGGGEST: gi|192296247|gb|FG992263.1|FG992263
genomic: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAACgtatgttaat ... ttttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCCTTCTTGCTTGCTGAATTGGG
EST: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAAC GATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCCTTCTTGCTTGCTGAATTGGGEST: gi|10235771|gb|BE804659.1|BE804659
genomic: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAACgtatgttaat ... ttttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCCTTCTTGCTTGCTGAATTGGG
EST: GAGGGCATAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAAC GATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCCTTCTTGCTTGCTGAATTGGG
genomic: GAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAACgtatgttaat ... ttttatatagGATGCATCGGCAGCCAGACCATGTCATGGCCTTCTTGCTTGCTGAATTGGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTGCTGGAGATCGGCGAAGGACAGTTATGAGGCCTCCTCAAGTTCTTCGTGAGGGCACAAAGAAAACTGTGTTTGTCAATTTTATGGATCTATGCAAAACgtatgttaatattttatgctaaatgctgaatagttcagagtaatgtgatgaaagttgtttcacaaaacacttggccttgtttctgtgttttctgtatttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA