1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
CGCAAAATCAAACTACATGTCTGCTGGGCAAATATCTGTACCTATTGTCTTTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttctccttgctgctttctttttaaagacaaactttatttaactatttgagaactgataaataattcaggttttgtctttgtatgcccaacaactttgcctttatgcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA14G36540.3 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA TGTTATGCATCTTGGTATGGCTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCAEST: gi|7588536|gb|AW704259.1|AW704259
genomic: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
EST: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA TGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGNGTTGAAAGTCTTGTCACCAEST: gi|254319588|gb|GR829100.1|GR829100
genomic: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
EST: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA TGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCAEST: gi|120533350|gb|EH261483.1|EH261483
genomic: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
EST: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA TGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCAEST: gi|192323797|gb|FK015608.1|FK015608
genomic: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
EST: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA TGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCAEST: gi|37994649|gb|CF806308.1|CF806308
genomic: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
EST: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA TGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCAEST: gi|298169681|gb|HO021041.1|HO021041
genomic: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
EST: GCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATCCTCAA TGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCAEST: gi|151396530|gb|EV266407.1|EV266407
genomic: GCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
EST: TAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA TGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCAEST: gi|254334369|gb|GR844154.1|GR844154
genomic: TAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGG-TTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
EST: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA TGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCAEST: gi|151404289|gb|EV274099.1|EV274099
genomic: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
EST: TAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA TGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCCTGGGGTTGAAAGTCTTGTCGCEST: gi|207737078|gb|GD713125.1|GD713125
genomic: TAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGG-TTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCC-TGGG-TTGAAAGTCTTGTCAC
EST: CTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA TGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCAEST: gi|254340298|gb|GR858423.1|GR858423
genomic: CTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
EST: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA TGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCAEST: gi|254335254|gb|GR846751.1|GR846751
genomic: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
EST: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA TGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCAEST: gi|16996929|gb|BM086301.1|BM086301
genomic: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
EST: TAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA TGTTATGCATCTTTGTATGGEST: gi|151397384|gb|EV267257.1|EV267257
genomic: TAGAGGACCCAATGGTGCTGCTG-CTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGG
EST: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA TGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
genomic: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CGCAAAATCAAACTACATGTCTGCTGGGCAAATATCTGTACCTATTGTCTTTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttctccttgctgctttctttttaaagacaaactttatttaactatttgagaactgataaataattcaggttttgtctttgtatgcccaacaactttgcctttatgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT