Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGCAAAATCAAACTACATGTCTGCTGGGCAAATATCTGTACCTATTGTCTTTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttctccttgctgctttctttttaaagacaaactttatttaactatttgagaactgataaataattcaggttttgtctttgtatgcccaacaactttgcctttatgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G36540.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA14G36540.3 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os09g33500.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
CGCAAAATCAAACTACATGTCTGCTGGGCAAATATCTGTACCTATTGTCTTTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacg-gttctccttgctgctttctttttaaagacaaactttatttaactatttgagaactgataaataattcaggttttgtctttgtatgcccaacaactttgcctttatgcag
 || || |||||||||||||| || || || |||||||| |||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||| || || || ||  | | ||        ||||     |||  |   | | |  |   ||    |   |  |  |||| | ||||    |||| |   | ||         | | ||         
TGCCAAGTCAAACTACATGTCAGCGGGTCAGATATCTGTCCCTATTGTTTTCAGAGGACCTAATGGAGCTGCTGCTGGAGTTGGCGCTCAACACTCGCAGgtttgtgatcagggaatggcttatgaatta--gtttatcatcctaggaccccattgaactttgtaaa-agttca----ttgtttccttttgttgtgttgttctaccc--------

upper sequence: GLYMA14G36540.3 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os08g42410.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
CGCAAAATCAAACTACATGTCTGCTGGGCAAATATCTGTACCTATTGTCTTTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttc---tccttgctgctttctttttaaagacaaactttatt-taactatttgagaactgataaataattcaggttttgtctttgtatgcccaacaactttgcctttatgcag
 || || || ||||||||||| ||||| || |||   || |||||||| |||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||  |   |     |||| |  |  || | |        | | |||| | | | ||||      |  ||||||   |  |||     | || |    ||||  |||||          
TGCCAAGTCGAACTACATGTCAGCTGGTCAGATAAACGTTCCTATTGTTTTTAGAGGGCCAAACGGTGCTGCTGCTGGTGTTGGTGCTCAGCACTCTCAGgtttgtgacagaaacttgttaatgcctatctgttattctattctattattattgtttgga---cggcaaataaccaatatttg----tggtgttttgaaca-ttttgc----------

upper sequence: GLYMA14G36540.3 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G043198_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 7
CGCAAAATCAAACTACATGTCTGCTGGGCAAATATCTGTACCTATTGTCTTTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttctccttgctgctttctttttaaagacaaactttattta--actatttgagaactgataaataattcaggttttgtctttgtatgcccaacaactttgcctttatgcag
 || || || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||| || || || || ||    || | |     | || || |  |  |     || |   |     ||||    |   || ||||  ||  |        |||   |  |  | |   ||            
TGCCAAGTCGAACTACATGTCTGCTGGGCAGATATCTGTTCCTATTGTCTTTAGGGGTCCAAATGGTGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCCCAACACTCACAGgt----ttttgcacaaagtttcctctacatgggtgctctgttgctgctgttattctttagaggacaaattgttatgccacatgatttaattttctgaaagtctt------------

upper sequence: GLYMA14G36540.3 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G097226_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 7
CGCAAAATCAAACTACATGTCTGCTGGGCAAATATCTGTACCTATTGTCTTTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttctccttgctgctttctttttaaagacaaactttatttaactatttgagaactgataaataattcaggttttgtctttgtatgcccaacaactttgcctttatgcag
 || || ||||| || ||||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||||| || || || ||  |           ||||    |  | | |  |   | | | | | |||       ||  |   |||||    |||  ||||| | |      || | ||            
TGCCAAGTCAAATTATATGTCAGCTGGTCAGATATCTGTTCCTATTGTTTTTAGAGGACCAAACGGAGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCTCAACACTCACAGgtttgtcagatggaattgctcatgtagttatgtaattatgtgtctgattatcatccttctacttcctaatt----tttcatctttatgttattgccatcctttt----------

upper sequence: GLYMA14G36540.3 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G128121_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 1
CGCAAAATCAAACTACATGTCTGCTGGGCAAATATCTGTACCTATTGTCTTTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttctccttgctgctt-tctttttaaagacaaactttatttaactatttgagaactgataaataattcaggttttgtctttgtatgcc-caacaactttgcctttatgcag
                                   |||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| || || || ||  |         | ||||  | |  |||   ||  || |  | | | ||        ||  |   || ||    |||   |||| ||||      | ||  |            
-----------------------------------CTGTTCCTATTGTTTTTAGAGGACCAAATGGAGCTGCTGCTGGAGTTGGTGCTCAACACTCACAGgtttgtcagatggagttgctcatgtagttatgtacttacgt-gtctgattaacatccttctacttcctatttt---tttccactttttatgttattgcgaccct------------

upper sequence: GLYMA14G36540.3 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: AT5G50850.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
CGCAAAATCAAACTACATGTCTGCTGGGCAAATATCTGTACCTATTGTCTTTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttctccttgctgctttctttttaaagacaaactttatttaactatttgagaactgataaataattcaggttttgtctttgtatgcccaacaactttgcctttatgcag
 ||||| ||||| |||||||||||||| || |||  |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||     | |    |         || ||  |     |   ||  | | ||| | ||  ||       ||||| |  |    |  ||     |   |  | |  |        
TGCAAAGTCAAATTACATGTCTGCTGGACAGATAAATGTACCCATCGTCTTTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGTGTTGGAGCTCAACATTCTCAGgtaaa---cgctcacccaaaaaaaattgaataatttgttactttgcattctttcaaaagagacc-----ttcagctactaaactgataaagatattcatataggatga------

upper sequence: GLYMA14G36540.3 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv17s0000g00690.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
CGCAAAATCAAACTACATGTCTGCTGGGCAAATATCTGTACCTATTGTCTTTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttctccttgctgctttctttttaaagacaaactttatttaactatttgagaactgataaataattcaggttttgtctt-tgtatgcccaacaactttgcctttatgcag
 ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||| || ||||| || ||||| || ||||| |||||||| || |||||||| ||||||||||| ||   || |   || |||  |  |  |||  |      |||||   | | |   |  |   ||   || |     | |   ||| |  |||| |  |   ||| ||         
TGCAAAGTCAAACTATATGTCTGCTGGTCAGATATCTGTGCCAATTGTTTTCAGAGGGCCAAATGGGGCTGCTGCAGGAGTTGGTGCCCAGCATTCTCAGgtgtagtccaaatt-ctgtctgatacttattg------tttatgcgattttgccatcatatatggttagtctccttctaaccttctagatgctctgcttattttccc--------

upper sequence: GLYMA14G36540.3 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: EFJ19158 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 5
CGCAAAATCAAACTACATGTCTGCTGGGCAAATATCTGTACCTATTGTCTTTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttctccttgctgctttctttttaaagacaaactttatttaactatttgagaactgataaataattcaggttttgtctttgtatgcccaacaactttgcctttatgcag
 |||||  || |||| ||||| |  |||||||||||||| || ||||| ||| | || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| || || || ||   |  |||  | ||||     ||       ||   ||  ||| |   ||| ||                                                          
AGCAAAGACATACTATATGTCCGGAGGGCAAATATCTGTTCCCATTGTATTTCGGGGTCCCAATGGTGCAGCTGCCGGTGTTGGTGCTCAACACTCACAGgtg-agcgctctgttctgcgagagtt--ggctccatttttattttcatcctttcag----------------------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|20498857|gb|BQ273787.1|BQ273787
EST:     TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA                         TGTTATGCATCTTGGTATGGCTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
genomic: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
EST: gi|7588536|gb|AW704259.1|AW704259
EST:     TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA                         TGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGNGTTGAAAGTCTTGTCACCA
genomic: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
EST: gi|120533350|gb|EH261483.1|EH261483
EST:     TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA                         TGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
genomic: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
EST: gi|192323797|gb|FK015608.1|FK015608
EST:     TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA                         TGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
genomic: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
EST: gi|37994649|gb|CF806308.1|CF806308
EST:     TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA                         TGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
genomic: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
EST: gi|298169681|gb|HO021041.1|HO021041
EST:     GCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATCCTCAA                         TGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
genomic: GCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
EST: gi|17400857|gb|BM177639.1|BM177639
EST:     TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA                         TGTTATGCATCTTTGTAT
genomic: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTAT
EST: gi|254334369|gb|GR844154.1|GR844154
EST:     TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA                         TGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
genomic: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
EST: gi|151396530|gb|EV266407.1|EV266407
EST:     TAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA                         TGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
genomic: TAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGG-TTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
EST: gi|207737078|gb|GD713125.1|GD713125
EST:     CTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA                         TGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
genomic: CTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
EST: gi|254335254|gb|GR846751.1|GR846751
EST:     TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA                         TGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
genomic: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
EST: gi|254340298|gb|GR858423.1|GR858423
EST:     TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA                         TGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
genomic: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
EST: gi|254319588|gb|GR829100.1|GR829100
EST:     TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA                         TGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
genomic: TTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGGTTCATGCCCTGGGTTGAAAGTCTTGTCACCA
EST: gi|16996929|gb|BM086301.1|BM086301
EST:     TAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAA                         TGTTATGCATCTTTGTATGG
genomic: TAGAGGACCCAATGGTGCTGCTG-CTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttct ... ctttatgcagTGTTATGCATCTTTGTATGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CGCAAAATCAAACTACATGTCTGCTGGGCAAATATCTGTACCTATTGTCTTTAGAGGACCCAATGGTGCTGCTGCTGGGGTTGGTGCTCAGCATTCTCAAgtacggttctccttgctgctttctttttaaagacaaactttatttaactatttgagaactgataaataattcaggttttgtctttgtatgcccaacaactttgcctttatgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT