Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTGGAAGTTTGCTTGCATGTGAATCTTTTCATGCAGATGTACATGCAGGAAATCTGTGGCTTCTACGTGATGGCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCGgtatgcttgattatctttgtgcatatttatagatatggttttaactttttgttgtgcatttgtcatatgttaatgttctaatgtttcaaaaaagtctata...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G36520.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA14G36520.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os07g12530.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
GTTTGGAAGTTTGCTTGCATGTGAATCTTTTCATGCAGATGTACATGCAGGAAATCTGTGGCTTCTACGTGATGGCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCGgtatgcttgattatctttgtgcatatttatagatatggtt--ttaactttttgttgtgcatttgtcatatgttaatgttctaatgtttcaaaaaagtctata-----------------------------------------------------------------------------------------
||||||||| ||| || |||||||||| || ||||||||||| |||||||||||| | ||| | || || ||||| ||| |||| |||||||| || ||||||    ||  |||     |       | |  | ||||  |  |  | |  ||  ||| ||    || | |     |   || |   |||||||   |||                                                                                         
GTTTGGAAGCTTGATTTCATGTGAATCCTTCCATGCAGATGTGCATGCAGGAAATTTATGGTTGCTCCGAGATGGACGTGTTGGATTTCTTGATTTTGgtatgtaacatattctccaatctccacggtgg-cacggttgctctatatctcattaggcaatt----taggatgcaccttgtatttgctaaaaaaggaaatattctggccttttaattcttacattatctattagtcaaaacacaaagtggtcaagaaagtttatcactattggttaataccatttcacag

upper sequence: GLYMA14G36520.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: GRMZM2G031780_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
GTTTGGAAGTTTGCTTGCATGTGAATCTTTTCATGCAGATGTACATGCAGGAAATCTGTGGCTTCTACGTGATGGCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCGgtatgct-tgattatctttgtgcatatttatagatatggttttaactttttgttg--tgcatttgtcatatgttaatgttctaat-gtttcaaaaaagtctata
||||||||| ||  || |||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| || ||| | || |||||||| || ||||| ||| |||| || |||||||| |  | || | |    ||| || |     |||||   | | |  || |  | ||||    || || ||       |||    ||| | || |     
GTTTGGAAGCTTAATTTCATGTGAATCCTTCCATGCTGATGTACATGCTGGAAACCTATGGTTGCTCCGTGATGGGCGAATTGGTTTTATTGATTTTGgtatgctgtagtaatttctccctatagtttttacattggtt--gattatcagtcggttacattgtaaatgtgatagaacatgaatcacatcacacaactaag--

upper sequence: GLYMA14G36520.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: AT5G05200.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
GTTTGGAAGTTTGCTTGCATGTGAATCTTTTCATGCAGATGTACATGCAGGAAATCTGTGGCTTCTACGTGATGGCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCGgtatgcttgattatctttgtgcatatttata-gatatggttt---taactttttgttgtgcatttgtca---tatgttaatgttctaatgtttcaaaaaagtctata-----------------------------------------------------
||||||||| || ||||| ||||||   || ||||| |||||||||||||||||  | |||||  | ||||||||||| |||||||||||||| || ||||      | | |||     |  |||  |   | ||   ||   ||  |   | |    ||| | | |    |    ||||   |  | || || |||      |                                                      
GTTTGGAAGCTTACTTGCTTGTGAAAGCTTCCATGCTGATGTACATGCAGGAAACTTATGGCTGTTGCGTGATGGCCGGATTGGGTTTCTTGATTTTGgtaaatcatactctctcaagcctaattagtgcaacatttcttgcctacttacctctgactcatctattaatacagaaaaatgcagtctttttccataaatactcttcctttttattggtaattttttgtgtattcaagtaagtatccacatttttttcag

upper sequence: GLYMA14G36520.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv13s0067g03210.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
GTTTGGAAGTTTGCTTGCATGTGAATCTTTTCATGCAGATGTACATGCAGGAAATCTGTGGCTTCTACGTGATGGCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCGgtatgcttgattatctttgtgcatatttatagatatggttttaactttttgttgtgcatttgtcatatgttaatgttctaa---tgtttcaaaaaagtctata
|||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||||| |||||||| ||| ||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||   ||| ||||| ||||      ||  |     |||   || || | |      | |  |   |  |||  | ||   ||| ||  | | |    ||
GTTTGGTAGTTTGCTTGCCTGTGAAACCTTTCATGCAGATGTTCATGCAGGCAATTTGTGGTTGCTACGTGATGGCCGCATTGGGTTTCTTGATTTTGgtatgc---attttctttttgcactgggttaactcatagtttggtttgttatagctttgatcttttccatacatggccaaacagtgtatcttatatggtagta

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|120494303|gb|EH222470.1|EH222470
EST:     AGGAAATCTGTGGCTTCTACGTGATGGCCGTATCGGGTTTCTAGACTTCG                         GAATTGTTGGTCGTATATCCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTCTTCT
genomic: AGGAAATCTGTGGCTTCTACGTGATGGCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCGgtatgcttga ... cgatctacagGAATTGTTGGTCGTATATCCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTCTTCT
EST: gi|15284846|gb|BI468737.1|BI468737
EST:     AGGAAATCTGTGGCTTCTACGTGATGGCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCG                         GAATTGTTGGTCGTATATCCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTCTTCT
genomic: AGGAAATCTGTGGCTTCTACGTGATGGCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCGgtatgcttga ... cgatctacagGAATTGTTGGTCGTATATCCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTCTTCT
EST: gi|20812402|gb|BQ296880.1|BQ296880
EST:     GAAATCTGTGGCTTCTACGTGATGGCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCG                         GAATTGTTGGTCGTATATCCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTCTTCT
genomic: GAAATCTGTGGCTTCTACGTGATGGCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCGgtatgcttga ... cgatctacagGAATTGTTGGTCGTATATCCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTCTTCT
EST: gi|120494194|gb|EH222361.1|EH222361
EST:     GATGGCCGTATTGGGGTTTCTTGACTTCG                         GAATTGTTGGTCGTATATCCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTCTTCT
genomic: GATGGCCGTATT-GGGTTTCTTGACTTCGgtatgcttga ... cgatctacagGAATTGTTGGTCGTATATCCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTCTTCT
EST: gi|7693429|gb|AW761521.1|AW761521
EST:     AGGAAATCTGTGGCTTCTACGTGATGGCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCN                         GAATTGTTGGTCGTATATTCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTCTTCT
genomic: AGGAAATCTGTGGCTTCTACGTGATGGCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCGgtatgcttga ... cgatctacagGAATTGTTGGTCGTATATCCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTCTTCT
EST: gi|20498291|gb|BQ273221.1|BQ273221
EST:     AGGAAATCTGTGGCTTCTACGTGATGGCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCG                         GAATTGTTGGTCGTATATCCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTCTTCT
genomic: AGGAAATCTGTGGCTTCTACGTGATGGCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCGgtatgcttga ... cgatctacagGAATTGTTGGTCGTATATCCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTCTTCT
EST: gi|27424131|gb|CA935651.1|CA935651
EST:     AGGAAATCTGTGGCTTCTACGTGATGGCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCG                         GAATTGTTGGTCGTATATCCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGNNNNNNNCT
genomic: AGGAAATCTGTGGCTTCTACGTGATGGCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCGgtatgcttga ... cgatctacagGAATTGTTGGTCGTATATCCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTCTTCT
EST: gi|151394405|gb|EV264276.1|EV264276
EST:     AGGAAATCTGTGGCTTCTACGTGATGGCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCG                         GAATTGTTGGTCGTATATCCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTCTTCT
genomic: AGGAAATCTGTGGCTTCTACGTGATGGCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCGgtatgcttga ... cgatctacagGAATTGTTGGTCGTATATCCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTCTTCT
EST: gi|15204835|gb|BI427603.1|BI427603
EST:     AGGAAATCTGTGGCTTCTACGTGATGGCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCG                         GAATTGTTGGTCGTATATCCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTCTTCT
genomic: AGGAAATCTGTGGCTTCTACGTGATGGCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCGgtatgcttga ... cgatctacagGAATTGTTGGTCGTATATCCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTCTTCT
EST: gi|120495353|gb|EH223520.1|EH223520
EST:     A-GAATTCTGTGGCTTCTACGTGATGCCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCG                         GAATTGTTGGTCGTATATCCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTCTTCT
genomic: AGGAAATCTGTGGCTTCTACGTGATGGCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCGgtatgcttga ... cgatctacagGAATTGTTGGTCGTATATCCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTCTTCT
EST: gi|16104932|gb|BI892672.1|BI892672
EST:     AGGAAATCTGTGGCTTCTACGTGATGGCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCG                         GAATTGTTGTTCTTATATCCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTCTTCT
genomic: AGGAAATCTGTGGCTTCTACGTGATGGCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCGgtatgcttga ... cgatctacagGAATTGTTGGTCGTATATCCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTCTTCT
EST: gi|9900691|gb|BE609659.1|BE609659
EST:     GTTTCTTGACTTCG                         GAATTGTTGGTCGTATATCCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTCTTCT
genomic: GTTTCTTGACTTCGgtatgcttga ... cgatctacagGAATTGTTGGTCGTATATCCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTCTTCT
EST: gi|22928845|gb|BU545984.1|BU545984
EST:     AGGAAATCTGTGGNNNNNACGTGATGGCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCG                         GAATTGTTGGTCGTATATCCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTCTTCT
genomic: AGGAAATCTGTGGCTTCTACGTGATGGCCGTATTGGGTTTCTTGACTTCGgtatgcttga ... cgatctacagGAATTGTTGGTCGTATATCCCCTAAAACATGGGCTGCTATGGAAGTCTTCT