Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAGAAAAGGTTGATAGCTCTCTTGAGTTTCTTATATTGGCTAGTGATGGGCTATGGGATGTTGTCTCAAATGAGgttggcaatgatgttcatttcttcccgtttcctgttgataactacagtgtacatttccatcataaaccacgaaaatataaacgagttaagacctatcaag...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G12220.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA14G12220.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv04s0008g07320.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
GAAGAAAAGGTTGATAGCTCTCTTGAGTTTCTTATATTGGCTAGTGATGGGCTATGGGATGTTGTCTCAAATGAGgttggcaatgatgttcatttcttcccgtttcctgttgataactacagtgtacatttccat-cataaaccacgaaaat-------ata---aacgagttaagacctatcaag
|| |||||| |||| ||||| || |||||||||||  | || |||||||| || |||||||||||| ||||||||||| |   |   || | | | |     |  ||  |||     || |  ||  || | ||  || || ||   | | |       |||   ||   || |  |  |||||  
GAGGAAAAGATTGACAGCTCCCTCGAGTTTCTTATCCTTGCCAGTGATGGACTGTGGGATGTTGTCACAAATGAGgtttgttttctcgtccctatttctttatgcccatttgtatggtagatggtggatattcacacacaacccttcacagtcttcctcatagctaatacgtcaccatttatcag-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58016294|gb|CX703036.1|CX703036
EST:     AGTTTCTTATATTGGCTAGTGATGGGCTATGGGATGTTGTCTCAAATGAG                         GAAGCTGTTGCTATGATTAAACCAATTGAGGATGCCGAGGAGGCAGCAAAG
genomic: AGTTTCTTATATTGGCTAGTGATGGGCTATGGGATGTTGTCTCAAATGAGgttggcaatg ... ttttctccagGAAGCTGTTGCTATGATTAAACCAATTGAGGATGCCGAGGAGGCAGCAAAG
EST: gi|58019366|gb|CX706108.1|CX706108
EST:     AGTTTCTTATATTGGCTAGTGATGGGCTATGGGATGTTGTCTCAAATGAG                         GAAGCTGTTGCTATGATTAAACCAATTGAGGATGCCGAGGAGGCAGCAAAG
genomic: AGTTTCTTATATTGGCTAGTGATGGGCTATGGGATGTTGTCTCAAATGAGgttggcaatg ... ttttctccagGAAGCTGTTGCTATGATTAAACCAATTGAGGATGCCGAGGAGGCAGCAAAG
EST: gi|27424402|gb|CA935922.1|CA935922
EST:     AGTTTCTTATATTGGCTAGTGATGGGCTATGGGATGTTGTCTCAAATGAG                         GAAGCTGTTGCTATGATTAAACCAATTGAGGATGCCGAGGAGGCAGCAAAG
genomic: AGTTTCTTATATTGGCTAGTGATGGGCTATGGGATGTTGTCTCAAATGAGgttggcaatg ... ttttctccagGAAGCTGTTGCTATGATTAAACCAATTGAGGATGCCGAGGAGGCAGCAAAG
EST: gi|193691658|gb|FK629775.1|FK629775
EST:     AGTTTCTTATATTGGCTAGTGATGGGCTATGGGATGTTGTCTCAAATGAG                         GAAGCTGTTGCTATGATTAAACCAATTGAGGATGCCGAGGAGGCAGCAAAG
genomic: AGTTTCTTATATTGGCTAGTGATGGGCTATGGGATGTTGTCTCAAATGAGgttggcaatg ... ttttctccagGAAGCTGTTGCTATGATTAAACCAATTGAGGATGCCGAGGAGGCAGCAAAG
EST: gi|120495866|gb|EH224033.1|EH224033
EST:     AGTCTCTTATATTGGCTAGTGATGGGCTATGGGATGTTGTCTCAAATGAG                         GAAGCTGTTGCTATGATTAAACCAATTGAGGATCCCGAGGAGCCAGCAAAG
genomic: AGTTTCTTATATTGGCTAGTGATGGGCTATGGGATGTTGTCTCAAATGAGgttggcaatg ... ttttctccagGAAGCTGTTGCTATGATTAAACCAATTGAGGATGCCGAGGAGGCAGCAAAG