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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTTCAAAGCGTGGCAAATATTACCTTGCACTTTCCTGAGAATTTTGGTGGTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaactgctaaattcatggttgctggttgttacagtctagtgagattattaaatatcttgttcattgtgtag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G29400.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G29400.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv04s0008g00760.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
ATTTCAAAGCGTGGCAAATATTACCTTGCACTTTCCTGAGAATTTTGGTGGTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaactgctaaattcatggttgc--tggt--tgttacagtctagtgagattattaaatatcttgttcattgtgtag
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ATTTCAAGGTGTTGCAAGTCTCACTTTGCACTTCCCTGAGAACTTTGGTGGTGAGACAACTCAGATACGCTATATTGGGTTGAAGGGTGAAGCCACCCAGgtaatttcattgccaaagata-ggttgccatggtcgtgttgttgcttcaagtgatgattttcttttgatatgaattaacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193358429|gb|FK324999.1|FK324999
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|254315528|gb|GR825337.1|GR825337
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|254342188|gb|GR853325.1|GR853325
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|11690379|gb|BF598055.1|BF598055
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|254317765|gb|GR826749.1|GR826749
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|298192219|gb|HO036301.1|HO036301
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGAT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGAT
EST: gi|18039284|gb|BM307578.1|BM307578
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|151402759|gb|EV272572.1|EV272572
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|208291455|gb|GE096721.1|GE096721
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|208253800|gb|GE055554.1|GE055554
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|254317766|gb|GR826750.1|GR826750
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|193425337|gb|FK389940.1|FK389940
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|298167595|gb|HO012858.1|HO012858
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTAT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTAT
EST: gi|192294103|gb|FG986192.1|FG986192
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|192300261|gb|FG987838.1|FG987838
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTT
EST: gi|208132249|gb|GD930280.1|GD930280
EST:     TACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: TACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|192324117|gb|FK017848.1|FK017848
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|20498002|gb|BQ272932.1|BQ272932
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTT
EST: gi|151393588|gb|EV263463.1|EV263463
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|207796498|gb|GD769792.1|GD769792
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTA
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTA
EST: gi|193338173|gb|FK303856.1|FK303856
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|254342187|gb|GR853324.1|GR853324
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|51336638|gb|CO980504.1|CO980504
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|151412116|gb|EV281928.1|EV281928
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|12773661|gb|BG238588.1|BG238588
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|11275065|gb|BF325388.1|BF325388
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
EST: gi|208271333|gb|GE067877.1|GE067877
EST:     GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAG                         TTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT
genomic: GTGACACTACTAAAATACACTATATTGGCTTTAAAGGCGAAGCCACTCAGgtactttaac ... cattgtgtagTTGAAAAGGGATGTTGTTGCCACTATTGTTTATGAGCTTATGCCAAATCCT