1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
GCAAAGTTGTTGCAGCCAAAAGATGAGAGCTGGTCTGAATGTGCTCACAAAGGATATGCAGgtatatatagtatgctcttacaaactattagcagtctttaatatattgacattagattattgttattttgaactatatcaaagaaacatcccttcaagtc...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA13G04940.1 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GCAGCCAAAAGATGAGAGCTGGTCTGAATGTGCTCACAAAGGATATGCAG TAAAACCTCGGAAGGGTGATGCCTTGTTGTTTTTCAGTCTCCATCTGGATGEST: gi|14990600|gb|BI316273.1|BI316273
genomic: GCAGCCAAAAGATGAGAGCTGGTCTGAATGTGCTCACAAAGGATATGCAGgtatatatag ... gccattttagTAAAACCTCGGAAGGGTGATGCCTTGTTGTTCTTCAGTCTCCATCTGGATG
EST: CTGGTCTGAATGTGCTCACAAAGGATATGCAG TAAAACCTCGGAAGGGTGATGCCTTGTTGTTCTTCATTCTCCATCTGGATGEST: gi|207827572|gb|GD799563.1|GD799563
genomic: CTGGTCTGAATGTGCTCACAAAGGATATGCAGgtatatatag ... gccattttagTAAAACCTCGGAAGGGTGATGCCTTGTTGTTCTTCAGTCTCCATCTGGATG
EST: GCAGCC-AAAGATGAGAGCTGGTCTGAATGTGCTCACAAAGGATATGCAG TAAAACCTCGGAAGGGTGATGCCTTGTTGTTCTTCAGTCTCCATCTGGATGEST: gi|151394021|gb|EV263892.1|EV263892
genomic: GCAGCCAAAAGATGAGAGCTGGTCTGAATGTGCTCACAAAGGATATGCAGgtatatatag ... gccattttagTAAAACCTCGGAAGGGTGATGCCTTGTTGTTCTTCAGTCTCCATCTGGATG
EST: GCAGCCAAAAGATGAGAGCTGGTCTGAATGTGCTCACAAAGGATATGCAG TAAAACCTCGGAAGGGTGATGCCTTGTTGTTCTTCAGTCTCCATCTGGATGEST: gi|254330721|gb|GR841986.1|GR841986
genomic: GCAGCCAAAAGATGAGAGCTGGTCTGAATGTGCTCACAAAGGATATGCAGgtatatatag ... gccattttagTAAAACCTCGGAAGGGTGATGCCTTGTTGTTCTTCAGTCTCCATCTGGATG
EST: GCAGCCAAAAGATGAGAGCTGGTCTGAATGTGCTCACAAAGGATATGCAG TAAAACCTCGGAAGGGTGATGCCTTGTTGTTCTTCAGTCTCCATCTGGATGEST: gi|192330838|gb|FK021611.1|FK021611
genomic: GCAGCCAAAAGATGAGAGCTGGTCTGAATGTGCTCACAAAGGATATGCAGgtatatatag ... gccattttagTAAAACCTCGGAAGGGTGATGCCTTGTTGTTCTTCAGTCTCCATCTGGATG
EST: GCAGCCAAAAGATGAGAGCTGGTCTGAATGTGCTCACAAAGGATATGCAG TAAAACCTCGGAAGGGTGATGCCTTGTTGTTCTTCAGTCTCCACCTGGATGEST: gi|151395404|gb|EV265281.1|EV265281
genomic: GCAGCCAAAAGATGAGAGCTGGTCTGAATGTGCTCACAAAGGATATGCAGgtatatatag ... gccattttagTAAAACCTCGGAAGGGTGATGCCTTGTTGTTCTTCAGTCTCCATCTGGATG
EST: GCAGCCAAAAGATGAGAGCTGGTCTGAATGTGCTCACAAAGGATATGCAG TAAAACCTCGGAAAGGTGATGCCTTGTTGTTCTTCAGTCTCCATCTGGATGEST: gi|120530553|gb|EH258686.1|EH258686
genomic: GCAGCCAAAAGATGAGAGCTGGTCTGAATGTGCTCACAAAGGATATGCAGgtatatatag ... gccattttagTAAAACCTCGGAAGGGTGATGCCTTGTTGTTCTTCAGTCTCCATCTGGATG
EST: GCAGCCAAAAGATGAGAGCTGGTCTGAATGTGCTCACAAAGGATATGCAG TAAAACCTCGGAAAGGTGATGCCEST: gi|213611820|gb|DB958886.1|DB958886
genomic: GCAGCCAAAAGATGAGAGCTGGTCTGAATGTGCTCACAAAGGATATGCAGgtatatatag ... gccattttagTAAAACCTCGGAAGGGTGATGCC
EST: GCAGCCAAAAGATGAGAGCTGGTCTGAATGTGCTCACAAAGGATATGCAG TAAAACCTCGGAAGGGTGATGCCTTGTTGTTCTTCAGTCTCCATCTGGATG
genomic: GCAGCCAAAAGATGAGAGCTGGTCTGAATGTGCTCACAAAGGATATGCAGgtatatatag ... gccattttagTAAAACCTCGGAAGGGTGATGCCTTGTTGTTCTTCAGTCTCCATCTGGATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GCAAAGTTGTTGCAGCCAAAAGATGAGAGCTGGTCTGAATGTGCTCACAAAGGATATGCAGgtatatatagtatgctcttacaaactattagcagtctttaatatattgacattagattattgttattttgaactatatcaaagaaacatcccttcaagtc
- - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caaagaaa