1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
GATTGCCAAGGATCCTCGATTTGAGAGAATACTATGTACTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAGgtgtgatatatttttatgagctaaatgcttaggagcatctgggagcaatttgtttattaagattaattaatgatttttcaggctggatgataaatagtct...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G31740.1 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAG CACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGAGEST: gi|192306233|gb|FG996847.1|FG996847
genomic: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAGgtgtgatata ... ttggaaacagCACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGAG
EST: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAG CACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGAGAATTEST: gi|192330326|gb|FK019876.1|FK019876
genomic: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAGgtgtgatata ... ttggaaacagCACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGAGAATT
EST: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAG CACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGAGAATTEST: gi|21676190|gb|BQ628541.1|BQ628541
genomic: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAGgtgtgatata ... ttggaaacagCACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGAGAATT
EST: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGATACTCAG CACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGAGAATTEST: gi|10233586|gb|BE802474.1|BE802474
genomic: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAGgtgtgatata ... ttggaaacagCACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGAGAATT
EST: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAG CACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGACAATTEST: gi|151411977|gb|EV281788.1|EV281788
genomic: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAGgtgtgatata ... ttggaaacagCACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGAGAATT
EST: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAG CACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGAGAATTEST: gi|192328346|gb|FK020057.1|FK020057
genomic: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAGgtgtgatata ... ttggaaacagCACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGAGAATT
EST: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAG CACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGAGAAEST: gi|151407416|gb|EV277231.1|EV277231
genomic: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAGgtgtgatata ... ttggaaacagCACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGAGAA
EST: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAG CACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGAGAATTEST: gi|51345064|gb|CO985797.1|CO985797
genomic: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAGgtgtgatata ... ttggaaacagCACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGAGAATT
EST: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAG CACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGAGAATTEST: gi|24205709|gb|BU964962.1|BU964962
genomic: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAGgtgtgatata ... ttggaaacagCACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGAGAATT
EST: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAG CACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGAGAATTEST: gi|298183933|gb|HO029146.1|HO029146
genomic: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAGgtgtgatata ... ttggaaacagCACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGAGAATT
EST: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAG CACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGAGAATTEST: gi|209717530|gb|BW679664.1|BW679664
genomic: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAGgtgtgatata ... ttggaaacagCACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGAGAATT
EST: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAG CACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGAGAATTEST: gi|151408961|gb|EV278769.1|EV278769
genomic: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAGgtgtgatata ... ttggaaacagCACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGAGAATT
EST: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAG CACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGAGAATT
genomic: CTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAGgtgtgatata ... ttggaaacagCACAAGTGCTACATTGTTGCAACATGTGATCGGGACTTGAAGAGGAGAATT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GATTGCCAAGGATCCTCGATTTGAGAGAATACTATGTACTCATAAAGGGACCTATGCTGATGACTGCCTTGTTGAGAGAGTTACTCAGgtgtgatatatttttatgagctaaatgcttaggagcatctgggagcaatttgtttattaagattaattaatgatttttcaggctggatgataaatagtct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT