Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGGCGCTTTATTGGATGATCCAGATGGAGAAGGGACAATCTATGGACGAGACAGCAACAACCCTCCATCCATGTTGGGAGGCATATCACCTGGCTGACAAgtatacctttggctatttaatatcatggattcatggttttaaattgtggttgcattgtgaaaaccaaattgtggacaaatgcattggatgtggctgcaat...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G30540.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G30540.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv06s0061g01190.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
AGGCGCTTTATTGGATGATCCAGATGGAGAAGGGACAATCTATGGACGAGACAGCAACAACCCTCCATCCATGTTGGGAGGCATATCACCTGGCTGACAAgtatacctttggctatttaatatcatggattcatggttttaaattgtggttgcattgtgaaaaccaaattgtggacaaatgcat-tggatgtggctgcaat
|||| ||| | |||||||||||| |||||||||||| ||  ||||| ||| ||| ||||||||| ||||| |||||||| || ||||  || || |||||||||    | ||      |  | |||   ||     || |   || || |||| |||  |      ||      |||  ||  | || |    |       
AGGCTCTTCACTGGATGATCCAGCTGGAGAAGGGACCATGCATGGATGAGGCAGGAACAACCCTTCATCCCTGTTGGGACGCGTATCGTCTTGCAGACAAgtatg---tggg------acgagcataacttt----ttatgctttatgcttgctttg--agtctggaacctcatacaggtgtttgtgtacacag-------