1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
GAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGAGATCAGGAGTTACCTTGACCTTGTTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAGgtttgtttatcatattcttgcttagtaaatgctgattatttggctttgttatcaattggttcttgaatcttgattaagtattttctgctggtccacattt...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA11G34980.1 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAA-CCATGAGATCCTGTACCATCTGCAG GATGTGTTTAACCTGCTACCAAEST: gi|208217759|gb|GE016057.1|GE016057
genomic: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAGgtttgtttat ... atttttttagGATGTGTTTAACCTGCTACCAA
EST: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCNTGAGATCCTGTACCATCTGCAG GATGTGTTTAACCNGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATEST: gi|208311610|gb|GE109434.1|GE109434
genomic: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAGgtttgtttat ... atttttttagGATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTAT
EST: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAG GATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCTEST: gi|207829987|gb|GD801903.1|GD801903
genomic: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAGgtttgtttat ... atttttttagGATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCT
EST: GATGGAAAGTCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAG GATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCTEST: gi|58016090|gb|CX702832.1|CX702832
genomic: GATGGAAAG-CTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAGgtttgtttat ... atttttttagGATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCT
EST: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAG GATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCTEST: gi|15662128|gb|BI699499.1|BI699499
genomic: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAGgtttgtttat ... atttttttagGATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCT
EST: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAG GATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCTEST: gi|12774685|gb|BG239612.1|BG239612
genomic: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAGgtttgtttat ... atttttttagGATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCT
EST: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAG GATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAEST: gi|207802987|gb|GD773500.1|GD773500
genomic: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAGgtttgtttat ... atttttttagGATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAA
EST: TTATTGATGGAAAGTTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAG GATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAAEST: gi|254323157|gb|GR835765.1|GR835765
genomic: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAGgtttgtttat ... atttttttagGATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAA
EST: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAG GATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCTEST: gi|207684747|gb|GD664706.1|GD664706
genomic: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAGgtttgtttat ... atttttttagGATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCT
EST: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAG GATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCTEST: gi|58017218|gb|CX703960.1|CX703960
genomic: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAGgtttgtttat ... atttttttagGATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCT
EST: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAG GATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCTEST: gi|208073938|gb|GD867771.1|GD867771
genomic: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAGgtttgtttat ... atttttttagGATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCT
EST: TTACTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAG GATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCTEST: gi|5058103|gb|AI736579.1|AI736579
genomic: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAGgtttgtttat ... atttttttagGATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCT
EST: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAG GATGTGTTTAACCTGCTACCANATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCTEST: gi|208099388|gb|GD898833.1|GD898833
genomic: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAGgtttgtttat ... atttttttagGATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCT
EST: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAG GATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTAEST: gi|193497576|gb|FK460808.1|FK460808
genomic: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAGgtttgtttat ... atttttttagGATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTA
EST: GAGATCCTGTACCATCTGCAG GATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCTEST: gi|58017413|gb|CX704155.1|CX704155
genomic: GAGATCCTGTACCATCTGCAGgtttgtttat ... atttttttagGATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCT
EST: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAG GATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCTEST: gi|58023179|gb|CX709920.1|CX709920
genomic: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAGgtttgtttat ... atttttttagGATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCT
EST: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAG GATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCTEST: gi|207716253|gb|GD697559.1|GD697559
genomic: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAGgtttgtttat ... atttttttagGATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCT
EST: CCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAG GATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCTEST: gi|207841941|gb|GD816317.1|GD816317
genomic: CCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAGgtttgtttat ... atttttttagGATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCT
EST: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAG GATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCTEST: gi|193371957|gb|FK334600.1|FK334600
genomic: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAGgtttgtttat ... atttttttagGATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCT
EST: CCTGTACCATCTTTGTCAG GATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCEST: gi|207740941|gb|GD714319.1|GD714319
genomic: CCTGTACCATC--TG-CAGgtttgtttat ... atttttttagGATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGC
EST: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAG GATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCTEST: gi|151411180|gb|EV280991.1|EV280991
genomic: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAGgtttgtttat ... atttttttagGATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCT
EST: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAA-CCATGAGATCCTGTACCATCTGCAG -ATGTGTTTA-CCTGCTACCAAATCT-A-TGT-GCTGATCEST: gi|207720695|gb|GD701738.1|GD701738
genomic: TTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAGgtttgtttat ... atttttttagGATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATC
EST: CCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAG GATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCT
genomic: CCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAGgtttgtttat ... atttttttagGATGTGTTTAACCTGCTACCAAATCTTAATGTTGCTGATCTTATCAAGGCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGAGATCAGGAGTTACCTTGACCTTGTTATTGATGGAAAGCTTCCATTAAACCATGAGATCCTGTACCATCTGCAGgtttgtttatcatattcttgcttagtaaatgctgattatttggctttgttatcaattggttcttgaatcttgattaagtattttctgctggtccacattt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG