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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGAGAAGAGCTTAGGAAGCTGATTAATGCACCAGCTTACATTGAATGCAGTTCAAAAACACAGGAGgtacatggttgaatgtatttcttttatttttttaaaatcacgatggttaattcaatgtttttaaaaaaaaattggtatttattacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA11G08380.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192304826|gb|FG997036.1|FG997036
EST:     AGCTGATTAATGCACCAGCTTACATTGAATGCAGTTCAAAAACACAGGAG                         AACGTGAAGGCAGTCTTTGATGCAGCCATAAGAGTTGTCCTTCAACCACCT
genomic: AGCTGATTAATGCACCAGCTTACATTGAATGCAGTTCAAAAACACAGGAGgtacatggtt ... tttattacagAACGTGAAGGCAGTCTTTGATGCAGCCATAAGAGTTGTCCTTCAACCACCT
EST: gi|6072638|gb|AW102025.1|AW102025
EST:     GCTGATTAATGCACCAGCTTACATTGAATGCAGGTTCAAAAACACAGGAG                         AACGTGAAGGCAGTCTTTGATGCAGCCATAAGAGTTGTCCTTCAACCACCT
genomic: GCTGATTAATGCACCAGCTTACATTGAATGCA-GTTCAAAAACACAGGAGgtacatggtt ... tttattacagAACGTGAAGGCAGTCTTTGATGCAGCCATAAGAGTTGTCCTTCAACCACCT
EST: gi|27425331|gb|CA936851.1|CA936851
EST:     TGATTAATGCACCAGCTTACATTGAATGCAGTTCAAAAACACAGGAG                         AACGTGAAGGCAGTCTTTGATGCAGCCATAAGAGTTGTCCTTCAACCACCT
genomic: TGATTAATGCACCAGCTTACATTGAATGCAGTTCAAAAACACAGGAGgtacatggtt ... tttattacagAACGTGAAGGCAGTCTTTGATGCAGCCATAAGAGTTGTCCTTCAACCACCT
EST: gi|5606072|gb|AI900170.1|AI900170
EST:     AGCTGATTTATGCACCAGCTTACATTGAATGCAGTTCAAAAACACAGGAG                         AACGTGGATGCAGTCTTTGATGCAGCC
genomic: AGCTGATTAATGCACCAGCTTACATTGAATGCAGTTCAAAAACACAGGAGgtacatggtt ... tttattacagAACGTGAAGGCAGTCTTTGATGCAGCC
EST: gi|31309917|gb|CD395120.1|CD395120
EST:     AGCTGATTAATGCACCAGCTTACATTGAATGCAGTTCAAAAACACAGGAG                         AACGTGAAGGCAGTCTTTGATGCAGCCATAAGAGTTGTCCTTCAACCACCT
genomic: AGCTGATTAATGCACCAGCTTACATTGAATGCAGTTCAAAAACACAGGAGgtacatggtt ... tttattacagAACGTGAAGGCAGTCTTTGATGCAGCCATAAGAGTTGTCCTTCAACCACCT
EST: gi|17400451|gb|BM177233.1|BM177233
EST:     AGCTGATTAATGCACCAGCTTACATTGAATGCAGTTCAAAAACACAGGAG                         AACGTGAAGGCAGTCTTTGATGCAGCCATAAGAGTTGTCCTTCAACCACCT
genomic: AGCTGATTAATGCACCAGCTTACATTGAATGCAGTTCAAAAACACAGGAGgtacatggtt ... tttattacagAACGTGAAGGCAGTCTTTGATGCAGCCATAAGAGTTGTCCTTCAACCACCT
EST: gi|58017044|gb|CX703786.1|CX703786
EST:     AGCTGATTAATGCACCAGCTTACATTGAATGCAGTTCAAAAACACAGGAG                         AACGTGAAGGCAGTCTTTGATGCAGCCATAAGAGTTGTCCTTCAACCACCT
genomic: AGCTGATTAATGCACCAGCTTACATTGAATGCAGTTCAAAAACACAGGAGgtacatggtt ... tttattacagAACGTGAAGGCAGTCTTTGATGCAGCCATAAGAGTTGTCCTTCAACCACCT
EST: gi|19054119|gb|BM732786.1|BM732786
EST:     AGCTGATTAATGCGCCAGCTTACATTGAATGCAGTTCAAAAACACAGGAG                         AACGTGAAGGCAGTCTTTGATGCAGCCATA
genomic: AGCTGATTAATGCACCAGCTTACATTGAATGCAGTTCAAAAACACAGGAGgtacatggtt ... tttattacagAACGTGAAGGCAGTCTTTGATGCAGCCATA
EST: gi|207842139|gb|GD816725.1|GD816725
EST:     AGCTGATTAATGCGCCAGCTTACATTGAATGCAGTTCAAAAACACAGGAG                         AACGTGAAGGCAGTCTTTGATGCAGCCATAAGAGTTGTCCTTCAACCACCT
genomic: AGCTGATTAATGCACCAGCTTACATTGAATGCAGTTCAAAAACACAGGAGgtacatggtt ... tttattacagAACGTGAAGGCAGTCTTTGATGCAGCCATAAGAGTTGTCCTTCAACCACCT
EST: gi|58016803|gb|CX703545.1|CX703545
EST:     AGCTGATTAATGCACCAGCTTACATTGAATGCAGTTCAAAAACACAGGAG                         AACGTGAAGGCAGTCTTTGATGCAGCCATAAGAGTTGTCCTTCAACCACCT
genomic: AGCTGATTAATGCACCAGCTTACATTGAATGCAGTTCAAAAACACAGGAGgtacatggtt ... tttattacagAACGTGAAGGCAGTCTTTGATGCAGCCATAAGAGTTGTCCTTCAACCACCT
EST: gi|27423497|gb|CA935017.1|CA935017
EST:     AGCTGATTAATGCACCAGCTTACATTGAATGCAGTTCAAAAACACAGGAG                         AACGTGAAGGCAGTCTTTGATGCAGCCATAAGAGTTGTCCTTCAACCACCT
genomic: AGCTGATTAATGCACCAGCTTACATTGAATGCAGTTCAAAAACACAGGAGgtacatggtt ... tttattacagAACGTGAAGGCAGTCTTTGATGCAGCCATAAGAGTTGTCCTTCAACCACCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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GGAGAAGAGCTTAGGAAGCTGATTAATGCACCAGCTTACATTGAATGCAGTTCAAAAACACAGGAGgtacatggttgaatgtatttcttttatttttttaaaatcacgatggttaattcaatgtttttaaaaaaaaattggtatttattacag

- - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - -  GCTGAT