Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTATTGATTATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataagtatatttgcgtattagtgttaattttatttgatcaaattgaatattttaacattccactttgttctttacttctttatatgtaatcttgaaaactatggtcttcatatgaatag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G40990.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G40990.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv10s0071g01100.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
GGTATTGATTATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgta-gtcataagt----atatttgcg-tattagtgttaattttatttgatcaaa--ttgaatattttaacattccactttgttctttacttctttatatgtaatcttgaaaactatggtcttcatatgaatag
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |  || |||||| ||||  | || | |    | | ||||  || |    |     | |||   ||     ||||  ||| | |  ||    ||||  || ||||  |||   | | || | |                         
GGTATTGATTATTTGAAGTATGATAATTGCAACAATGATGGTTCTAGGCCTACTGATCGgtatataattatttcttacaattgcactactgacttgtgcctcattctctctgtgcttgagcattctgattttttggtttgaactctactagtttcctttttatgtag-------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193510248|gb|FK467586.1|FK467586
EST:     TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAG                         ATACCCTATTATGA
genomic: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGA
EST: gi|207838375|gb|GD811129.1|GD811129
EST:     ATCGAAACCAACTGATAG                         ATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
genomic: ATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
EST: gi|208335402|gb|GE135937.1|GE135937
EST:     TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAG                         ATACCCTATTA
genomic: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTA
EST: gi|193335273|gb|FK297985.1|FK297985
EST:     TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCAAAACCAACTGATAG                         ATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
genomic: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
EST: gi|193391563|gb|FK356462.1|FK356462
EST:     TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAG                         ATACCCTATTATGA
genomic: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGA
EST: gi|207777548|gb|GD747509.1|GD747509
EST:     TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAG                         ATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
genomic: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
EST: gi|208317303|gb|GE113256.1|GE113256
EST:     TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAG                         ATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
genomic: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
EST: gi|208132100|gb|GD929011.1|GD929011
EST:     TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCAAAACCAACTGATAG                         ATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGCTGGTC
genomic: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTC
EST: gi|193437777|gb|FK399612.1|FK399612
EST:     ACAATGATGGTATTCGAAACCAACTGATAG                         ATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
genomic: ACAATGATGG-A-TCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
EST: gi|208066793|gb|GD866480.1|GD866480
EST:     TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAG                         ATACCCTATTATGA
genomic: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGA
EST: gi|208329355|gb|GE131269.1|GE131269
EST:     TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAG                         ATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
genomic: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
EST: gi|193423091|gb|FK389318.1|FK389318
EST:     TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAG                         ATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
genomic: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
EST: gi|208267232|gb|GE065609.1|GE065609
EST:     TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAG                         ATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
genomic: TATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
EST: gi|193500706|gb|FK464503.1|FK464503
EST:     AAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAG                         ATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
genomic: AAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
EST: gi|213589246|gb|DB957778.1|DB957778
EST:     ATTTGAAGTATGATAACTGTAAACA-TGATGGATCGAAACCAACTGATAG                         ATACCCTATTATGACTCGGGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT
genomic: ATTTGAAGTATGATAACTGTAA-CAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataa ... atatgaatagATACCCTATTATGACTCGAGCTTTAATGATGGCTGGTCGTCCAATCTTCTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGTATTGATTATTTGAAGTATGATAACTGTAACAATGATGGATCGAAACCAACTGATAGgtagtcataagtatatttgcgtattagtgttaattttatttgatcaaattgaatattttaacattccactttgttctttacttctttatatgtaatcttgaaaactatggtcttcatatgaatag

- - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA