1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
GTACGCGTCAACCTTCCAAATGGTGACATGGTGGGGCATACAGGTGACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagcttaattttcaaatttgttggagcatttctttaaataaagtttgttatattctttttaagctctagctgaattttttgggaattctttattt...
species | Glycine max |
transcript | GLYMA09G40690.1 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCTEST: gi|17964652|gb|BM271384.1|BM271384
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCTEST: gi|193542604|gb|FK501041.1|FK501041
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCTEST: gi|7925554|gb|AW831589.1|AW831589
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG ATGATTCTAGATGCAATAGAAGCA-GTGGGEST: gi|33387910|gb|CA851117.1|CA851117
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGA-GCAAGTGGG
EST: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCATGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACAGCTEST: gi|37994438|gb|CF806184.1|CF806184
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGTTT TTGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATTTTTTCTCCGCTEST: gi|254346935|gb|GR856657.1|GR856657
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCTEST: gi|151401069|gb|EV270883.1|EV270883
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAG-CAGCTGATGCTGCTGTGAAG ATGATTCTTGATGCA-TAGAGCA-GTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCTEST: gi|151397920|gb|EV267793.1|EV267793
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCTEST: gi|254346385|gb|GR856107.1|GR856107
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCTEST: gi|10845255|gb|BF068411.1|BF068411
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCATGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACEST: gi|17401042|gb|BM177824.1|BM177824
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCAC
EST: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCTEST: gi|298181410|gb|HO022849.1|HO022849
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCTEST: gi|254321595|gb|GR824912.1|GR824912
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCTEST: gi|14990679|gb|BI316352.1|BI316352
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCTEST: gi|254344788|gb|GR855552.1|GR855552
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCATGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACAGCTEST: gi|10845312|gb|BF068459.1|BF068459
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCTEST: gi|254346934|gb|GR856656.1|GR856656
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAG ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCTEST: gi|26268189|gb|CA819252.1|CA819252
genomic: ACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
EST: CTGCTGTGAAG ATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
genomic: CTGCTGTGAAGgtatgaagct ... gtaattgcagATGATTCTTGATGCAATAGAGCAAGTGGGTGGAATTTATGTTGTCACCGCT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTACGCGTCAACCTTCCAAATGGTGACATGGTGGGGCATACAGGTGACATTGAAGCAACAGTTGTGGCTTGCAAGGCAGCTGATGCTGCTGTGAAGgtatgaagcttaattttcaaatttgttggagcatttctttaaataaagtttgttatattctttttaagctctagctgaattttttgggaattctttattt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT