Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGATGGAGAGGTTTGGAGGGTAGCCCTTGACACACAGAGTCTGGAGGATGATCCAAATTGTGGGAAGCTTGCTAGTTTTATGCCTTTAACTAATTATAGgtacatttaattcctggtgttaatatttattataacagttgatcttagttgatagcttttgtctggagatgcattgcgaaattggcaaatactcgtgttt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA09G25250.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA09G25250.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv16s0050g00490.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
ATGATGGAGAGGTTTGGAGGGTAGCCCTTGACACACAGAGTCTGGAGGATGATCCAAATTGTGGGAAGCTTGCTAGTTTTATGCCTTTAACTAATTATAGgtacatttaattc-ctggtgttaatatttattataacagttgatcttagttgatagcttttgtctggagatgcattgcgaaattggcaaatactcgtgttt
||||||||||  | |||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| |||   |||||||| ||||||  |||| | ||  ||||||||||||||||  ||| || | |  ||   ||||||   |     |     | ||| ||  |   | | || |      |   |  ||  |     |||     ||   
ATGATGGAGAACTATGGAGGGTCGCTCTTGATACACAGAGTCTTGAGGATGACCCAGGGTGTGGGAAACTTGCTGATTTTGTACCCCTAACTAATTATAGgtatgtttgatccaccagtaacaatattgtgtgctggaaaatcttttatttttttcttatagttttatatggtgataagatttatttgaatgaagatgaa-