Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAAGCTAACAGAGAGAGGGAGAAGACCATACTAAAGGAGACTGACATGCCTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAGgtacaaaattttcctttctcgactgcttcagagtttagatttataagttttaatttaatgcattttgctgtttagtttggttaaagattatatactttgg...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G47310.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7692473|gb|AW760578.1|AW760578
EST:     CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAG                         GCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
genomic: CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAGgtacaaaatt ... ccttgtatagGCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
EST: gi|19348105|gb|BM892637.1|BM892637
EST:     CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAG                         GCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
genomic: CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAGgtacaaaatt ... ccttgtatagGCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
EST: gi|7925927|gb|AW831953.1|AW831953
EST:     CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAG                         GCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCATGCATGCACAATT
genomic: CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAGgtacaaaatt ... ccttgtatagGCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
EST: gi|19348550|gb|BM893082.1|BM893082
EST:     CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAG                         GCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
genomic: CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAGgtacaaaatt ... ccttgtatagGCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
EST: gi|13562544|gb|BG550764.1|BG550764
EST:     CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAG                         GCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
genomic: CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAGgtacaaaatt ... ccttgtatagGCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
EST: gi|16996712|gb|BM086084.1|BM086084
EST:     CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAG                         GCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
genomic: CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAGgtacaaaatt ... ccttgtatagGCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
EST: gi|21675402|gb|BQ627753.1|BQ627753
EST:     CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAG                         GCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
genomic: CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAGgtacaaaatt ... ccttgtatagGCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
EST: gi|16342634|gb|BI968229.1|BI968229
EST:     CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAG                         GCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
genomic: CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAGgtacaaaatt ... ccttgtatagGCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
EST: gi|7796434|gb|AW781831.1|AW781831
EST:     AAGATGATAACATTGCCTCTGAG                         GCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
genomic: AAGATGATAACATTGCCTCTGAGgtacaaaatt ... ccttgtatagGCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
EST: gi|6481819|gb|AW201090.1|AW201090
EST:     CTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAG                         GCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
genomic: CTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAGgtacaaaatt ... ccttgtatagGCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
EST: gi|19053076|gb|BM731743.1|BM731743
EST:     CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAG                         GCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
genomic: CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAGgtacaaaatt ... ccttgtatagGCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
EST: gi|120495669|gb|EH223836.1|EH223836
EST:     CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAG                         GCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
genomic: CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAGgtacaaaatt ... ccttgtatagGCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
EST: gi|27425830|gb|CA937350.1|CA937350
EST:     ATTGCCTCTGAG                         GCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
genomic: ATTGCCTCTGAGgtacaaaatt ... ccttgtatagGCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
EST: gi|7925750|gb|AW831776.1|AW831776
EST:     CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAG                         GCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
genomic: CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAGgtacaaaatt ... ccttgtatagGCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
EST: gi|22932922|gb|BU550061.1|BU550061
EST:     NTCCATCCCCACTGANNNCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAG                         GCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
genomic: CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAGgtacaaaatt ... ccttgtatagGCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
EST: gi|26048959|gb|CA785412.1|CA785412
EST:     CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAG                         GCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
genomic: CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAGgtacaaaatt ... ccttgtatagGCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
EST: gi|17022638|gb|BM093672.1|BM093672
EST:     CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAG                         GCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
genomic: CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAGgtacaaaatt ... ccttgtatagGCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
EST: gi|151399451|gb|EV269322.1|EV269322
EST:     CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAG                         GCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
genomic: CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAGgtacaaaatt ... ccttgtatagGCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
EST: gi|51341142|gb|CO982459.1|CO982459
EST:     CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAG                         GCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT
genomic: CTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAGgtacaaaatt ... ccttgtatagGCTAGCGATATGGAGTTATGTTGCATATGCTTTGACCAAGCATGCACAATT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AGAAGCTAACAGAGAGAGGGAGAAGACCATACTAAAGGAGACTGACATGCCTCCATCCCCACTGAATTCTGAGAGTGAAGATGATAACATTGCCTCTGAGgtacaaaattttcctttctcgactgcttcagagtttagatttataagttttaatttaatgcattttgctgtttagtttggttaaagattatatactttgg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG