Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGAAACTAATTGGTAAGCTACAAGATGGTGCTGCCTTTTTGAAAAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaaatctgctagtgtcctcattccactgcatccaatatatattttttggtcaagtaaagtgattgtttgatgtgctgaaacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G46090.2
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193571590|gb|FK532821.1|FK532821
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|208245349|gb|GE041673.1|GE041673
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|207682173|gb|GD667134.1|GD667134
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|207686419|gb|GD669219.1|GD669219
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|193648342|gb|FK595339.1|FK595339
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGG
EST: gi|207791336|gb|GD760065.1|GD760065
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|193514593|gb|FK471903.1|FK471903
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACNGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTN
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|193390749|gb|FK355507.1|FK355507
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|208134532|gb|GD930925.1|GD930925
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|208131191|gb|GD931078.1|GD931078
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|208141220|gb|GD934386.1|GD934386
EST:     CAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: CAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|207778171|gb|GD748356.1|GD748356
EST:     TTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: TTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|193442340|gb|FK406121.1|FK406121
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|207781046|gb|GD753653.1|GD753653
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|208155862|gb|GD954450.1|GD954450
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: gi|193645270|gb|FK587900.1|FK587900
EST:     AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG                         AACAAGTTGTTGATGG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGAAACTAATTGGTAAGCTACAAGATGGTGCTGCCTTTTTGAAAAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaaatctgctagtgtcctcattccactgcatccaatatatattttttggtcaagtaaagtgattgtttgatgtgctgaaacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG