1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
TGAAACTAATTGGTAAGCTACAAGATGGTGCTGCCTTTTTGAAAAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaaatctgctagtgtcctcattccactgcatccaatatatattttttggtcaagtaaagtgattgtttgatgtgctgaaacag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA08G46090.1 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGEST: gi|208245349|gb|GE041673.1|GE041673
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGEST: gi|207682173|gb|GD667134.1|GD667134
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGEST: gi|207686419|gb|GD669219.1|GD669219
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGEST: gi|193648342|gb|FK595339.1|FK595339
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGEST: gi|207791336|gb|GD760065.1|GD760065
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGG
EST: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGEST: gi|193514593|gb|FK471903.1|FK471903
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACNGATGAGG AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTNEST: gi|193390749|gb|FK355507.1|FK355507
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGEST: gi|208134532|gb|GD930925.1|GD930925
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGEST: gi|208131191|gb|GD931078.1|GD931078
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGEST: gi|208141220|gb|GD934386.1|GD934386
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: CAAAACAGATGAGG AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGEST: gi|207778171|gb|GD748356.1|GD748356
genomic: CAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: TTTGAATTCAAAACAGATGAGG AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGEST: gi|193442340|gb|FK406121.1|FK406121
genomic: TTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGEST: gi|207781046|gb|GD753653.1|GD753653
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGEST: gi|208155862|gb|GD954450.1|GD954450
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG AACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTGEST: gi|193645270|gb|FK587900.1|FK587900
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGGACTTGATAGAGCTGTATTGACTATGAAGAAGGGTG
EST: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGG AACAAGTTGTTGATGG
genomic: AAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaa ... gctgaaacagAACAAGTTGTTGATGG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGAAACTAATTGGTAAGCTACAAGATGGTGCTGCCTTTTTGAAAAAGGGCCATGATGAAGAAGAGAAGCTGTTTGAATTCAAAACAGATGAGGgtaacttgaaatctgctagtgtcctcattccactgcatccaatatatattttttggtcaagtaaagtgattgtttgatgtgctgaaacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG