Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAATTGAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAGgttgctctcatcttctctaaacacacacacacagaatgttgatgtgaaataattatatgttttaatcaggtaaatgtggtgtatcagtatttagataaatggattgaatagtaattaaatttttttgaatatatggtgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G42300.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208256562|gb|GE054829.1|GE054829
EST:     GAAATTGAGCTGCAAAACCACAATAATTATCTGCGAGCTAAG                         ATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAAC
genomic: GAAATTGAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAGgttgctctca ... tatggtgcagATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAAC
EST: gi|6665849|gb|AW277299.1|AW277299
EST:     GAGATTGAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAACTAAG                         ATAGCTGAACATGAGAAAGCTCAACAACAGCAATCAAATATG
genomic: GAAATTGAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAGgttgctctca ... tatggtgcagATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAACAGCAATCAAATATG
EST: gi|193733101|gb|FK668318.1|FK668318
EST:     GAAATTGAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAG                         ATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAACAGCAATCAAATATGAATATGTCA
genomic: GAAATTGAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAGgttgctctca ... tatggtgcagATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAACAGCAATCAAATATGAATATGTCA
EST: gi|193681479|gb|FK623285.1|FK623285
EST:     GAAATTGAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAG                         ATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAACAGCAATCAAATATGAATATGTCA
genomic: GAAATTGAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAGgttgctctca ... tatggtgcagATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAACAGCAATCAAATATGAATATGTCA
EST: gi|17020848|gb|BM091882.1|BM091882
EST:     GAAATTGAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAG                         ATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAACAGCAATCAAATATGAATATGTCA
genomic: GAAATTGAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAGgttgctctca ... tatggtgcagATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAACAGCAATCAAATATGAATATGTCA
EST: gi|8285076|gb|BE022635.1|BE022635
EST:     GAAATTGAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAG                         ATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAACAGCAATCAAATATGAATATGTCA
genomic: GAAATTGAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAGgttgctctca ... tatggtgcagATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAACAGCAATCAAATATGAATATGTCA
EST: gi|208288479|gb|GE086144.1|GE086144
EST:     GAAATTGAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAG                         ATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAA
genomic: GAAATTGAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAGgttgctctca ... tatggtgcagATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAA
EST: gi|6666384|gb|AW277843.1|AW277843
EST:     GAAATTGAGCTGCANAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAG                         ATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAAACA-CAGCAATCAAATATG
genomic: GAAATTGAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAGgttgctctca ... tatggtgcagATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAA-CAACAGCAATCAAATATG
EST: gi|9985912|gb|BE659918.1|BE659918
EST:     GAAATTGAGCTGCAAAACCACAACCAATTATCTGCGAGCTAAG                         ATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAACAGCAATCAAAATATGAA
genomic: GAAATTGAGCTGCAAAACCACAAC-AATTATCTGCGAGCTAAGgttgctctca ... tatggtgcagATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAACAGCAATCAAA-TATGAA
EST: gi|298186356|gb|HO036989.1|HO036989
EST:     GAAATTGAGCTGCAAAACCACAATAATTATCTGCGAGCTAAG                         ATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAACAGCAATCAAATATGA-T--GTCA
genomic: GAAATTGAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAGgttgctctca ... tatggtgcagATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAACAGCAATCAAATATGAATATGTCA
EST: gi|193362589|gb|FK324909.1|FK324909
EST:     GAAATTGAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAG                         ATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAACAGCAATCAAATATGAATATGTCA
genomic: GAAATTGAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAGgttgctctca ... tatggtgcagATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAACAGCAATCAAATATGAATATGTCA
EST: gi|193630390|gb|FK580415.1|FK580415
EST:     CTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAG                         ATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAACAGCAATCAAATATGAATATGTCA
genomic: CTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAGgttgctctca ... tatggtgcagATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAACAGCAATCAAATATGAATATGTCA
EST: gi|193381106|gb|FK348335.1|FK348335
EST:     GAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAG                         ATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAACAGCAATCAAATATGAATATGTCA
genomic: GAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAGgttgctctca ... tatggtgcagATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAACAGCAATCAAATATGAATATGTCA
EST: gi|208274341|gb|GE071123.1|GE071123
EST:     GAAATTGAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAG                         ATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAACAGCAATCAAATATGAATATGTCA
genomic: GAAATTGAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAGgttgctctca ... tatggtgcagATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAACAGCAATCAAATATGAATATGTCA
EST: gi|207720734|gb|GD701777.1|GD701777
EST:     GAAATTGAGCTGCAAAACCNCAACAATTATCTGCGAGCTAAG                         ATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAACAGCAATCAAATATGAATATGTCA
genomic: GAAATTGAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAGgttgctctca ... tatggtgcagATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAACAGCAATCAAATATGAATATGTCA
EST: gi|6454914|gb|AW185524.1|AW185524
EST:     GAAATTGAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAG                         ATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAACAGCAATCAAATATGAATATGTCA
genomic: GAAATTGAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAGgttgctctca ... tatggtgcagATAGCTGAACATGAGAGAGCTCAACAACAGCAATCAAATATGAATATGTCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAAATTGAGCTGCAAAACCACAACAATTATCTGCGAGCTAAGgttgctctcatcttctctaaacacacacacacagaatgttgatgtgaaataattatatgttttaatcaggtaaatgtggtgtatcagtatttagataaatggattgaatagtaattaaatttttttgaatatatggtgcag

- - -  AGCTGC