Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAACAATCCAGCATACAACACTAAATATGGGATTTACTCAGAGAGATGTGGACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTAgtaagcccttggaaaatcctagtaattttttttatttatttacgtagaattatttaatgctattatttcataaattgtggaggaaattctcaaaactttgggtgctgtcttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G21300.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA08G21300.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv09s0002g02940.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
CAACAATCCAGCATACAACACTAAATATGGGATTTACTCAGAGAGATGTGGACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTAgtaagcccttggaaa---atcctagtaattttttttatttatttacgtagaattatttaatgctattatttcataaattgtggaggaaattctcaaaactttgggtgctgtcttag
| | ||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||| | ||||| ||| | |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||| || |||     ||  ||       |   | || |  | ||  | | ||| ||  ||| ||| ||  | ||      | ||  ||| |  ||||||| |   |        |  | ||||
CTATAATCCTGCTTACAACACTAAGTATGGGGTTTACTCAGAGGGCTGTGGGCTTGAGAATGTGATGATGTCGTGGGGGCATGATGACTACATGTACCTGgtacatgtttcaaactctgctcacattatctgctctacct-tctacataacattttttcattgt-tttcaaggttaagagtg-acaaaattctaacttcccatctctcatttttag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192304442|gb|FG997856.1|FG997856
EST:     GACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTA                         GTGGCAAAGGAGAATGATACTACACTGCCCTCTGCGGCTTTGTTCATTATA
genomic: GACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTAgtaagccctt ... gctgtcttagGTGGCAAAGGAGAATGATACTACACTGCCCTCTGCGGCTTTGTTCATTATA
EST: gi|14989999|gb|BI315672.1|BI315672
EST:     GACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTA                         GTGGCAAAGGAGAATGATACTACACTGCCCTCTGCGGCTTTGTTCATTATA
genomic: GACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTAgtaagccctt ... gctgtcttagGTGGCAAAGGAGAATGATACTACACTGCCCTCTGCGGCTTTGTTCATTATA
EST: gi|17022499|gb|BM093533.1|BM093533
EST:     GACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTA                         GTGGCAAAGGAGAATGATACTACACTGCCCTCTGCGGCTTTGTTCATTATA
genomic: GACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTAgtaagccctt ... gctgtcttagGTGGCAAAGGAGAATGATACTACACTGCCCTCTGCGGCTTTGTTCATTATA
EST: gi|58015895|gb|CX702637.1|CX702637
EST:     GACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTA                         GTGGCAAAGGAGAATGATACTACACTGCCCTTTGCGGCTTTGTTCATTATA
genomic: GACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTAgtaagccctt ... gctgtcttagGTGGCAAAGGAGAATGATACTACACTGCCCTCTGCGGCTTTGTTCATTATA
EST: gi|151397267|gb|EV267140.1|EV267140
EST:     GACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTA                         GTGGCAAAGGAGAATGATACTACACTGCCCTCTGCGGCTTTGTTCATTATA
genomic: GACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTAgtaagccctt ... gctgtcttagGTGGCAAAGGAGAATGATACTACACTGCCCTCTGCGGCTTTGTTCATTATA
EST: gi|14991768|gb|BI317441.1|BI317441
EST:     GACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTA                         GTGGCAAAGGAGAATGATACTACACTGCCCTCTGCGGCTTTGTTCATTATA
genomic: GACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTAgtaagccctt ... gctgtcttagGTGGCAAAGGAGAATGATACTACACTGCCCTCTGCGGCTTTGTTCATTATA
EST: gi|14991788|gb|BI317461.1|BI317461
EST:     GACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTA                         GTGGCAAAGGAGAATGATACTACACTGCCCTCTGCGGCTTTGTTCATTATA
genomic: GACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTAgtaagccctt ... gctgtcttagGTGGCAAAGGAGAATGATACTACACTGCCCTCTGCGGCTTTGTTCATTATA
EST: gi|17023853|gb|BM094887.1|BM094887
EST:     GACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTA                         GTGGCAAAGGAGAATGATACTACACTGCCCTCTGCGGCTTTGTTCATTATA
genomic: GACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTAgtaagccctt ... gctgtcttagGTGGCAAAGGAGAATGATACTACACTGCCCTCTGCGGCTTTGTTCATTATA
EST: gi|151396455|gb|EV266332.1|EV266332
EST:     GACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTA                         GTGGCAAAGGAGAATGATACTACACTGCCCTCTGCGGCTTTGTTCATTATA
genomic: GACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTAgtaagccctt ... gctgtcttagGTGGCAAAGGAGAATGATACTACACTGCCCTCTGCGGCTTTGTTCATTATA
EST: gi|163921518|gb|EH039303.1|EH039303
EST:     GACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTA                         GTGGCAAAGGAGAATGATACTACACTGCCCTCTGCGGCTTTGTTCATTATA
genomic: GACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTAgtaagccctt ... gctgtcttagGTGGCAAAGGAGAATGATACTACACTGCCCTCTGCGGCTTTGTTCATTATA
EST: gi|58016178|gb|CX702920.1|CX702920
EST:     GACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTA                         GTGGCAAAGGAGAATGATACTACACTGCCCTTTGCGGCTTTGTTCATTATA
genomic: GACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTAgtaagccctt ... gctgtcttagGTGGCAAAGGAGAATGATACTACACTGCCCTCTGCGGCTTTGTTCATTATA
EST: gi|163926148|gb|EH038402.1|EH038402
EST:     GACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTA                         GTGGCAAAGGAGAATGATACTACACTGCCCTCTGCGGCTTTGTTCATTATA
genomic: GACTTAACAATGTGATGATGTCATGGGGACACGATGACTACATGTATCTAgtaagccctt ... gctgtcttagGTGGCAAAGGAGAATGATACTACACTGCCCTCTGCGGCTTTGTTCATTATA