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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAACCAATTCCTGTCACTCAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGGgtaaatatttctttgaaaactgtcctctctgagatatgttttgacccctgaaatttagctcgtcaactgaaaagaaccagcctgaattaatatttataga...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA08G17810.2
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15815476|gb|BI787751.1|BI787751
EST:     CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGG                         TGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
genomic: CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGGgtaaatattt ... gtcctaatagTGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
EST: gi|4305924|gb|AI443831.1|AI443831
EST:     AACTTGTCAAGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATTCTGG                         TG-TGTTAGGCC
genomic: AACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAAT-CTGGgtaaatattt ... gtcctaatagTGGTGTTAGGCC
EST: gi|27425474|gb|CA936994.1|CA936994
EST:     CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGG                         TGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
genomic: CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGGgtaaatattt ... gtcctaatagTGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
EST: gi|6567102|gb|AW234729.1|AW234729
EST:     CAACTTGTCAAGGAAGTTGCCGCCGTAATGCANGAATNTACTCAATCTGG                         TGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
genomic: CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGGgtaaatattt ... gtcctaatagTGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
EST: gi|37996790|gb|CF808379.1|CF808379
EST:     CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGG                         TGGCGTTAGGCCTTTT
genomic: CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGGgtaaatattt ... gtcctaatagTGGTGTTAGGCCTTTT
EST: gi|27424967|gb|CA936487.1|CA936487
EST:     CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGG                         TGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
genomic: CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGGgtaaatattt ... gtcctaatagTGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
EST: gi|15285795|gb|BI469686.1|BI469686
EST:     CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGG                         TGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
genomic: CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGGgtaaatattt ... gtcctaatagTGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
EST: gi|207767049|gb|GD737011.1|GD737011
EST:     AACTTGTCNGGGAAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGG                         TGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTG
genomic: AACTTGTCAGGGAA-GTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGGgtaaatattt ... gtcctaatagTGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTG
EST: gi|208333367|gb|GE126132.1|GE126132
EST:     CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGG                         TGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
genomic: CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGGgtaaatattt ... gtcctaatagTGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
EST: gi|13311848|gb|BG405499.1|BG405499
EST:     CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGG                         TGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
genomic: CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGGgtaaatattt ... gtcctaatagTGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
EST: gi|15000807|gb|BI321621.1|BI321621
EST:     CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGG                         TGGTGTTAGGCCTTTTG
genomic: CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGGgtaaatattt ... gtcctaatagTGGTGTTAGGCCTTTTG
EST: gi|207710725|gb|GD691717.1|GD691717
EST:     CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAACCTGG                         TGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGTTGGGTTTGATGATAA
genomic: CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGGgtaaatattt ... gtcctaatagTGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
EST: gi|7690855|gb|AW758992.1|AW758992
EST:     CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATNTACTCAATCTGG                         TGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
genomic: CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGGgtaaatattt ... gtcctaatagTGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
EST: gi|13563115|gb|BG551335.1|BG551335
EST:     CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGG                         TGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
genomic: CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGGgtaaatattt ... gtcctaatagTGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
EST: gi|208330695|gb|GE132640.1|GE132640
EST:     CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGG                         TGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGACTAGCTGCTGGGTTTGATGATA
genomic: CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGGgtaaatattt ... gtcctaatagTGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTG-CTAGTTGCTGGGTTTGATGATA
EST: gi|298192268|gb|HO036350.1|HO036350
EST:     CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGG                         TGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
genomic: CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGGgtaaatattt ... gtcctaatagTGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
EST: gi|8283306|gb|BE020867.1|BE020867
EST:     CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGG                         TGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATGA
genomic: CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGGgtaaatattt ... gtcctaatagTGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
EST: gi|27446035|gb|CA953158.1|CA953158
EST:     CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGG                         TGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
genomic: CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGGgtaaatattt ... gtcctaatagTGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
EST: gi|24135847|gb|BU926357.1|BU926357
EST:     CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGG                         TGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
genomic: CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGGgtaaatattt ... gtcctaatagTGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
EST: gi|17023069|gb|BM094103.1|BM094103
EST:     CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGG                         TGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA
genomic: CAACTTGTCAGGGAAGTTGCCGCCGTAATGCAGGAATTTACTCAATCTGGgtaaatattt ... gtcctaatagTGGTGTTAGGCCTTTTGGAGTGTCCCTGCTAGTTGCTGGGTTTGATGATAA