Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGGATGCTTTGGATAAGAATAAGAACACTGCTCTCCATTATGCAGCTGGTTATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtcttttcattttgtgttttgaaaacctccaagtattaattccattgcttacaaaactatttaatgactattggtgcttaattaggtttaatcatatatagttctttttccctccttgttcaatttacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G47830.3
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G47830.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: AT4G35450.5 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
TGGATGCTTTGGATAAGAATAAGAACACTGCTCTCCATTATGCAGCTGGTTATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagt-cttttcattttgtgttttgaaa-acctccaagtattaattccattgcttacaaaactatttaatgactattggtgcttaattaggtttaatcatatatagttctttttccctccttgttcaatttacag
|  ||||  | || || || ||||||||  |||| |||||||| |||||||| || || || || |||||   ||||||||| || ||||||||||||||||||||    |    || |   | |  ||||| | |||||    ||||   || || || ||  |||  |||||   |||  ||||||   | | | |       |  ||                             
TTAATGCGGTTGACAAAAACAAGAACACACCTCTGCATTATGCTGCTGGTTACGGGAGGAAAGAGTGTGTAAGCCTTCTCCTGGAGAATGGTGCTGCAGTgtaagtctcacaacacagtacttataatgaaacaactcca----ttaaa--cactgttt-caggact--ttaat---tatatgtgctttggttgatgtgtgtggttgcag-----------------------------

upper sequence: GLYMA06G47830.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv03s0038g04270.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
TGGATGCTTTGGATAAGAATAAGAACACTGCTCTCCATTATGCAGCTGGTTATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtcttttcattttgtgttttgaaaacctccaagtattaattccattg-cttacaaaactatttaatgactattggtgcttaattaggtttaatcatatatagttctttttccctccttgttcaatttacag
||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || || |||||||||||||||||||    |    ||   | | |||| | | |   |   | || ||    ||  |||||   |||  |  ||  || ||  | |||| |   ||   |                                       
TGGATGCTTTGGATAAGAACAAGAACACTGCTCTTCATTATGCAGCTGGTTATGGCAGGAAGGAGTGTGTAGCACTTCTGCTGGAGAATGGTGCTGCAGTgtaagccaacaa--cagcctcttttttaacatctctctgttctttatgggcttaacttac---actgatccatttct-ttttttcttactcttgtggcag--------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6726653|gb|AW311007.1|AW311007
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttacagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|151401062|gb|EV270876.1|EV270876
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttacagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|254335877|gb|GR847405.1|GR847405
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttacagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|209712541|gb|BW684131.1|BW684131
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttacagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|254335741|gb|GR847269.1|GR847269
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttacagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|192309989|gb|FK002513.1|FK002513
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGGGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttacagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|208289861|gb|GE086279.1|GE086279
EST:     GGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: GGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttacagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|254335742|gb|GR847270.1|GR847270
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttacagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|209715175|gb|BW665652.1|BW665652
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttacagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|16348997|gb|BI974592.1|BI974592
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttacagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
EST: gi|6726608|gb|AW310962.1|AW310962
EST:     TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGT                         TACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA
genomic: TATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtc ... caatttacagTACTCTCCAGAATATGGATGGTAAAACTCCAATCGATGTTGCGAAGCTAAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGGATGCTTTGGATAAGAATAAGAACACTGCTCTCCATTATGCAGCTGGTTATGGCAGAAAGGAATGTGTGGCCCTTCTCCTTGAAAATGGTGCTGCAGTgtaagtagtcttttcattttgtgttttgaaaacctccaagtattaattccattgcttacaaaactatttaatgactattggtgcttaattaggtttaatcatatatagttctttttccctccttgttcaatttacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGCAG