Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGGCTCACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAGgtattgataaggactttgtttccctcattcactgtagattcctgtattgtagttttcaaatggtcataattgctttcttggactcttttttgtttttcttgtggtttctttaaaatgtaaaagctgcttatgagagcaaaatctgttcttag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G15380.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA06G15380.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: LOC_Os04g34940.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
--------AAGGCTCACCAA--GGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGA-AGGGGCAGGGGTAGAGgtattgataaggactttgtttccctcattcactgtagattcctgtattgtagttttcaaatggtcataattgctttcttggactcttttttgtttttcttgtggtttctttaaaatgtaaaagctgcttatgagagcaaaatctgttcttag
         |||| | ||||  |  |  ||  | ||||  | || ||||   || ||  | || |||||   || |              |          ||| ||  |||  |  |  |  |   |  ||    ||  ||       | | |  || || ||  |  || | |  |     | | || ||   | |                      
GATCAGGTCAGGC-CGCCAACTGACTTTGATCAGGAGGCAGAGGCCGTGCCCAGTGGTCGTGGAAGAGGACGTGGTCGCCGTGGAAGGGGCAGGGGAAGAGgtaaatatctgcctactgatgattgtaaagtttatatccctgc---aaattatgattggtcttggtgttgatctgatgcctctatgaatgcaattcag---------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208248462|gb|GE048117.1|GE048117
EST:     GGCAGGGGTAGAG                         GATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
genomic: GGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
EST: gi|254343936|gb|GR857692.1|GR857692
EST:     ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAG                         GATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
genomic: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
EST: gi|298172713|gb|HO019753.1|HO019753
EST:     ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAG                         GATTTTACAATGGGGGTATGG
genomic: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGG
EST: gi|120530869|gb|EH259002.1|EH259002
EST:     ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAG                         GATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
genomic: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
EST: gi|15337539|gb|BI498195.1|BI498195
EST:     ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAG                         GATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
genomic: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
EST: gi|254343935|gb|GR857691.1|GR857691
EST:     CCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAAGGGGCAGGGGTAGAG                         GATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
genomic: CCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAA-GGGGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
EST: gi|26268500|gb|CA819563.1|CA819563
EST:     ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAG                         GATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
genomic: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
EST: gi|120534428|gb|EH262561.1|EH262561
EST:     ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAG                         GATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
genomic: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
EST: gi|120534511|gb|EH262644.1|EH262644
EST:     ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAG                         GATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
genomic: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
EST: gi|24136070|gb|BU926580.1|BU926580
EST:     ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAG                         GATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
genomic: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
EST: gi|207690383|gb|GD672986.1|GD672986
EST:     GGGCAGGGGTAGAG                         GATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
genomic: GGGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
EST: gi|20449683|gb|BQ253807.1|BQ253807
EST:     ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAG                         GATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
genomic: ACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG
EST: gi|6846526|gb|AW348816.1|AW348816
EST:     GAAGGGGCAGGGGTAGAG                         GATTTTACNATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTNNNNTGGTGGGCGTG
genomic: GAAGGGGCAGGGGTAGAGgtattgataa ... ctgttcttagGATTTTACAATGGGGGTATGGAATATGGTGATGATTGGGATGGTGGGCGTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AAGGCTCACCAAGGATGCGAGGAAGAGGACGTGGTCGTGGAAGGGGCAGGGGTAGAGgtattgataaggactttgtttccctcattcactgtagattcctgtattgtagttttcaaatggtcataattgctttcttggactcttttttgtttttcttgtggtttctttaaaatgtaaaagctgcttatgagagcaaaatctgttcttag

- - - - -  AGGATG
- - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - -  AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG