Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAAAGCAATCAATAAGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAGgtatgattgatatatgccttccttcttgtttgtataactattaagaaataagtatacatagtgctcatatttttttctttgatgtagtacctagaataaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA06G13720.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193706156|gb|FK647572.1|FK647572
EST:     TTGATAACTTGCTATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAG                         ATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
genomic: TTGATAACTTGC-ATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAGgtatgattga ... tacattgtagATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
EST: gi|6848993|gb|AW351283.1|AW351283
EST:     AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAG                         ATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
genomic: AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAGgtatgattga ... tacattgtagATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
EST: gi|208150772|gb|GD944657.1|GD944657
EST:     AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAG                         ATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
genomic: AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAGgtatgattga ... tacattgtagATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
EST: gi|298187707|gb|HO031664.1|HO031664
EST:     AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAG                         ATGGAGAAACTTGA
genomic: AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAGgtatgattga ... tacattgtagATGGAGAAACTTGA
EST: gi|193384075|gb|FK349674.1|FK349674
EST:     AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAG                         ATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCAGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
genomic: AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAGgtatgattga ... tacattgtagATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
EST: gi|207815273|gb|GD786534.1|GD786534
EST:     CATTACCTCAATGATGGTCTTTGGAAG                         ATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
genomic: CATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAGgtatgattga ... tacattgtagATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
EST: gi|37997132|gb|CF808721.1|CF808721
EST:     AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAG                         ATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
genomic: AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAGgtatgattga ... tacattgtagATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
EST: gi|37993894|gb|CF805640.1|CF805640
EST:     AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAG                         ATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
genomic: AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAGgtatgattga ... tacattgtagATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
EST: gi|209712615|gb|BW653748.1|BW653748
EST:     AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAG                         ATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
genomic: AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAGgtatgattga ... tacattgtagATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
EST: gi|298164604|gb|HO014249.1|HO014249
EST:     AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAG                         ATGGAGAAACTTGATTAAAGAT
genomic: AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAGgtatgattga ... tacattgtagATGGAGAAACTTGATTAAAGAT
EST: gi|151394068|gb|EV263939.1|EV263939
EST:     AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAG                         ATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
genomic: AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAGgtatgattga ... tacattgtagATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
EST: gi|193448013|gb|FK411016.1|FK411016
EST:     AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAG                         ATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
genomic: AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAGgtatgattga ... tacattgtagATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
EST: gi|208165990|gb|GD959946.1|GD959946
EST:     AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAG                         ATGGAGAAACTTGATTAAAGACGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
genomic: AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAGgtatgattga ... tacattgtagATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
EST: gi|209712614|gb|BW653747.1|BW653747
EST:     AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAG                         ATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
genomic: AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAGgtatgattga ... tacattgtagATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
EST: gi|193346957|gb|FK311366.1|FK311366
EST:     AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAG                         ATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
genomic: AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAGgtatgattga ... tacattgtagATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
EST: gi|208158840|gb|GD958257.1|GD958257
EST:     AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAG                         ATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
genomic: AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAGgtatgattga ... tacattgtagATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
EST: gi|207769164|gb|GD741520.1|GD741520
EST:     AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGTTGGTCTTTGGAAG                         ATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
genomic: AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAGgtatgattga ... tacattgtagATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
EST: gi|254323561|gb|GR836007.1|GR836007
EST:     AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAG                         ATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
genomic: AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAGgtatgattga ... tacattgtagATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
EST: gi|151412868|gb|EV282680.1|EV282680
EST:     AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAG                         ATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
genomic: AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAGgtatgattga ... tacattgtagATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
EST: gi|192300163|gb|FG989285.1|FG989285
EST:     AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAG                         ATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
genomic: AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAGgtatgattga ... tacattgtagATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
EST: gi|13563320|gb|BG551540.1|BG551540
EST:     AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAG                         ATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
genomic: AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAGgtatgattga ... tacattgtagATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
EST: gi|254323562|gb|GR836008.1|GR836008
EST:     AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAG                         ATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT
genomic: AGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAGgtatgattga ... tacattgtagATGGAGAAACTTGATTAAAGATGTTGCGGAAGCTTCAATGCTTTGATTGAT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AAAAGCAATCAATAAGGGAATTGGGGTTGATAACTTGCATTATCTCAATGATGGTCTTTGGAAGgtatgattgatatatgccttccttcttgtttgtataactattaagaaataagtatacatagtgctcatatttttttctttgatgtagtacctagaataaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccttcct