Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTATATGCAGAGTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcactctctacatgtctacccatctgcttcatctcttttctggaatatactgttggaagttgtcttgctcaaggttccgtaattctttttttcttttcatcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G30140.3
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G30140.3 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv05s0094g01550.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
TTATATGCAGAGTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcactctctacatgtctacccatctgcttcatctcttttctggaatatactgtt-----ggaagttgtcttg--ctcaaggttccgtaat-------tctttttttcttttcatcag-----
 | ||| | |||||| ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||    || | |||| | |    | ||| |  ||| |||||     | |  | |      | ||||   ||||  | |    || | ||||       | | |     ||| |||  |     
CTTTATTCGGAGTCTATTGCACGTTTTCAAGGAGGATCACCATACATTTATCCCTTGTATGGGTTAGGAGAGCTGCCCCAGgtttctt-tcctttccatgcccattt-tttgccttttcttttttccttttttttttctccttcagtaagtctccttggtcccccattttcataatggtgggatatgtcaccttttacatgtgctcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|120533277|gb|EH261410.1|EH261410
EST:     GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG                         GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
EST: gi|193622227|gb|FK569603.1|FK569603
EST:     GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG                         GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTA
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTA
EST: gi|208095648|gb|GD897138.1|GD897138
EST:     GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG                         GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
EST: gi|208259467|gb|GE053911.1|GE053911
EST:     GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG                         GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTA
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTA
EST: gi|207752054|gb|GD724495.1|GD724495
EST:     GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG                         GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
EST: gi|192313374|gb|FK005146.1|FK005146
EST:     GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG                         GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
EST: gi|207771777|gb|GD742552.1|GD742552
EST:     GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG                         GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
EST: gi|193656048|gb|FK606678.1|FK606678
EST:     GTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG                         GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
genomic: GTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
EST: gi|19347279|gb|BM892159.1|BM892159
EST:     GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG                         GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
EST: gi|6915949|gb|AW397479.1|AW397479
EST:     GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG                         GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
EST: gi|193531593|gb|FK490965.1|FK490965
EST:     GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG                         GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGGACATATATGTTGAATAAG
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTTGAATAAG
EST: gi|208337504|gb|GE136384.1|GE136384
EST:     GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAG                         GCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGGACATATATGTT
genomic: GAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcact ... ttttcatcagGCATTTGCACGGCTTAGTGCTGTTTATGGTGGAACATATATGTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTATATGCAGAGTCTCTTGCACGCTTTCAAGGAGGGTCACCTTACATATATCCTTTGTATGGTTTAGGAGAGCTTCCCCAGgtatctcactctctacatgtctacccatctgcttcatctcttttctggaatatactgttggaagttgtcttgctcaaggttccgtaattctttttttcttttcatcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCTT