Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGCGCTGCGATGGATGCAAAGTGTGGGTGCATGCAGAATGTGACAAAATTTGTAGCAACCTTTTCAAGgtatatccattacttgatatcttaatattgtcacttgttggcatttgcataaagtgactttttttttttttttttgctgattggtgtattctgttttttgtag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G41500.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G41500.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv16s0098g00350.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
GTGCGCTGCGATGGATGCAAAGTGTGGGTGCATGCAGAATGTGACAAAATTTGTAGCAACCTTTTCAAGgtatatccattac---ttgatatcttaatattgtcacttgttggcatttgcataaagtgactttttttttttttttttgctgattggtgtattct-gttttttgtag---------------------
|||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||  |||||||  || || |||||||||||     ||| ||   |  || ||  || ||| |   ||  |    ||| |  | |   |||| |  |||||   |      |       ||| | |  || | |                       
GTGCGCTGTGATGGTTGCAAAGTTTGGGTGCATGCAGAGTGTGGTAAAATTTCCAGTAAACTTTTCAAGgttggctcatcacagttccatctccaaacattattcttttgttttttttac-cacaaccacttatcatttttaagtgcatgaaggaaaaaattgtagacttctctgactgagttatttccttttttag