Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGCAATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttctttctccccactacatctacatgctaacttctatctgtttatgacatttagttgttatcctctccctcaccagcaataaattagtatttac...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G37030.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G37030.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: AT1G13060.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
TACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGCAATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttctttctccccactacatctacatgctaacttctatctgtttatgac----atttagttgttatcctctccctcaccagcaataaattagtatttac
|||   |||||  |||||||||| |||||| | ||  | ||  |  || |||| || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||   |    |     |  ||     |  |   |||  | || || || | ||     |||||| |  ||   |    |||  |    || |   ||       
TACAAATATGATATGTCAGTTGAAGAAGCTTCCGAGTTAGCAAGGAGATCAATCTACCATGCGACATTCCGTGATGGAGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgttagtaatctgaatgcatctgtggttcaaatgtaatatttaact-ttcaagattctgatttagctcataagtttgttctcttctcatatga-ccag-------

upper sequence: GLYMA04G37030.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: AT3G26340.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 7
TACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGCAATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttctttctccccactacatctacatgctaacttctatctgtttatgacatttagttgttatcctctccctcaccagcaataaattagtatttac--
|||   |  ||  |||| ||||| |||||  | ||  | ||  |  || | || || ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||    ||  ||  |  ||| | ||| |      |     ||||  | ||  | |||   | | |   |     | | |     |||||  ||||   |  
TACAAATTCGATATGTCGGTTGAAGAAGCCTCAGAGTTAGCAAGGAGATCCATCTACCATGCTACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtaaagatcaatc--cttacttcttctgccaatacatcatcatcttgtgat--ccttttcctttaaattttgtattaaactttcttaaatctgtatgatcag

upper sequence: GLYMA04G37030.1 (Glycine max), 5'ss of exon 7
lower sequence: Vv01s0010g02900.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
TACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGCAATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttctttctccccactacatctacatgctaacttctatctgtttatg-acatttagttgttatcctctccctcaccagca-ataaattagtatttac
||||| |||||  |||| |||||||||||||||||| | ||| ||||| | ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||| || |||| |     |     |   ||  || | || ||  ||   |||  |   |||  |  | |           | ||  |||  |  ||| 
TACCGTTATGATATGTCTGTTGAGGAAGCTGCTGAATTGGCTAGACGATCTATTTATCATGCGACATTCCGTGATGGAGCTAGTGGTGGAGTTGCAAGCGgta-cttactctctctctctctctctctctctctctctcccatgtggatacatacaaatgtatgtagttgtgtttacggtttaaacatgtattttttgttag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254323597|gb|GR840238.1|GR840238
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|254321270|gb|GR824587.1|GR824587
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTG-TG-AGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGA
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGA
EST: gi|58021915|gb|CX708656.1|CX708656
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|9204011|gb|BE330235.1|BE330235
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTGG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|8827022|gb|BE210752.1|BE210752
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|6667609|gb|AW279060.1|AW279060
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|254338527|gb|GR849945.1|GR849945
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|38193229|gb|CF922435.1|CF922435
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|6724850|gb|AW309249.1|AW309249
EST:     ATTTATCA-CCATACATTTCGTGATGGGGCCAGTGCTGCAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGCGACCAAATGGATGGAAGAACCTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: ATTTATCATGCA-ACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|254338528|gb|GR849946.1|GR849946
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|214009174|gb|DB989890.1|DB989890
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|254321271|gb|GR824588.1|GR824588
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|27425975|gb|CA937495.1|CA937495
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|254322198|gb|GR837612.1|GR837612
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|254322199|gb|GR837613.1|GR837613
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|192319717|gb|FK013759.1|FK013759
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|10255040|gb|BE822806.1|BE822806
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|151410487|gb|EV280302.1|EV280302
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|192319718|gb|FK013760.1|FK013760
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|17998750|gb|BI119560.1|BI119560
EST:     AATCTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|192333183|gb|FK026512.1|FK026512
EST:     AATTTATCATGCAACATTCCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
EST: gi|58014664|gb|CX701406.1|CX701406
EST:     AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCG                         TTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG
genomic: AATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttct ... atgattttagTTTACTATGTGGGACCAAATGGATGGAAGAAACTGTCTGGTGATGATGTTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TACCGGTATGACCTGTCAGTTGAGGAAGCTGCTGAACTTGCTCGACGAGCAATTTATCATGCAACATTTCGTGATGGGGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGgtatctttctttctccccactacatctacatgctaacttctatctgtttatgacatttagttgttatcctctccctcaccagcaataaattagtatttac

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG