Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAGACACGGTTGATGTTGTGGTTCCTCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGAgtatgttatcttgtgtattttttgttgtcgtctatttcaattgttaattttattaattattggtgattgactgtcgtgttttgatttgttatatgggagcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G46200.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|23064235|gb|BU579008.1|BU579008
EST:     TCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGA                         GGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAG
genomic: TCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGAgtatgttatc ... atgggagcagGGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAG
EST: gi|9902767|gb|BE611735.1|BE611735
EST:     TGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGA                         GGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAG
genomic: TGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGAgtatgttatc ... atgggagcagGGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAG
EST: gi|208226305|gb|GE023098.1|GE023098
EST:     TCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGA                         GGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAG
genomic: TCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGAgtatgttatc ... atgggagcagGGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAG
EST: gi|13481968|gb|BG511311.1|BG511311
EST:     TCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGA                         GGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAG
genomic: TCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGAgtatgttatc ... atgggagcagGGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAG
EST: gi|193410849|gb|FK378936.1|FK378936
EST:     TCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGA                         GGCCTGGTGACGGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAG
genomic: TCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGAgtatgttatc ... atgggagcagGGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAG
EST: gi|13251924|gb|BG362827.1|BG362827
EST:     TCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGA                         GGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAG
genomic: TCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGAgtatgttatc ... atgggagcagGGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAG
EST: gi|213616511|gb|DB965709.1|DB965709
EST:     TCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGA                         GGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAG
genomic: TCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGAgtatgttatc ... atgggagcagGGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAG
EST: gi|6913780|gb|AW395310.1|AW395310
EST:     TCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGA                         GGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAG
genomic: TCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGAgtatgttatc ... atgggagcagGGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAG
EST: gi|209721887|gb|BW680046.1|BW680046
EST:     TCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGA                         GGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAG
genomic: TCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGAgtatgttatc ... atgggagcagGGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAG
EST: gi|120491274|gb|EH219441.1|EH219441
EST:     TCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGA                         GGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCANATTGAAACAG
genomic: TCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGAgtatgttatc ... atgggagcagGGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAG
EST: gi|193513668|gb|FK467884.1|FK467884
EST:     TCCTTTGGCCGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGA                         GGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAG
genomic: TCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGAgtatgttatc ... atgggagcagGGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAG
EST: gi|209726695|gb|BW672449.1|BW672449
EST:     TCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGA                         GGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAG
genomic: TCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGAgtatgttatc ... atgggagcagGGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAG
EST: gi|7924360|gb|AW830386.1|AW830386
EST:     TCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGA                         GGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAG
genomic: TCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGAgtatgttatc ... atgggagcagGGCCTGGTGACAGGGTTAATGCTGACGAGCCTATTGCTCAAATTGAAACAG
EST: gi|298174924|gb|HO014841.1|HO014841
EST:     TCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGA                         GGCCTGGTGAC
genomic: TCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGAgtatgttatc ... atgggagcagGGCCTGGTGAC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GAGACACGGTTGATGTTGTGGTTCCTCCTTTGGCTGAATCTATCTCTGATGGAACTCTGGCACAATTTTTGAAGAgtatgttatcttgtgtattttttgttgtcgtctatttcaattgttaattttattaattattggtgattgactgtcgtgttttgatttgttatatgggagcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA