Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCAACCTGCAAATCCTCCAGCTGCTGCTCCACAGGCAGCACAACCAGCATCTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctgaaacatttttttatcaactaaaaaaagataaaggataaatatattttggtgtactcaatactgtttaatgatag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G20670.1
intron # 7
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193413584|gb|FK375733.1|FK375733
EST:     CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG                         GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: gi|254337504|gb|GR845181.1|GR845181
EST:     TCTCTTTCCCCAG                         GGCCTTCCAAATGTTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTT
genomic: TCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATG-TTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTT
EST: gi|31560965|gb|CD486803.1|CD486803
EST:     CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG                         GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: gi|5508981|gb|AI855539.1|AI855539
EST:     CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG                         GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: gi|254337503|gb|GR845180.1|GR845180
EST:     CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG                         GGCCTTCCAAATGTTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTT
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATG-TTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTT
EST: gi|57575208|gb|CX548183.1|CX548183
EST:     CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG                         GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: gi|24135564|gb|BU926074.1|BU926074
EST:     CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG                         GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: gi|23731238|gb|BU763731.1|BU763731
EST:     CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG                         GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: gi|254343685|gb|GR857441.1|GR857441
EST:     CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG                         GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: gi|192311570|gb|FK003523.1|FK003523
EST:     CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCT-TTTCCCCAG                         GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCCGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: gi|254341730|gb|GR852867.1|GR852867
EST:     CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG                         GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: gi|21888703|gb|BQ741916.1|BQ741916
EST:     CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG                         GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: gi|151395622|gb|EV265499.1|EV265499
EST:     CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG                         GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: gi|7146671|gb|AW508593.1|AW508593
EST:     CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG                         GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: gi|254343686|gb|GR857442.1|GR857442
EST:     CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG                         GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
EST: gi|31305618|gb|CD390821.1|CD390821
EST:     CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAG                         GGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT
genomic: CTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctg ... ttaatgatagGGCCTTCCAAATGTTGGGTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGCTCTTTAGACTTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TCAACCTGCAAATCCTCCAGCTGCTGCTCCACAGGCAGCACAACCAGCATCTGTTCCTTCTAGTGGACCTAATGCCAATCCTTTAGATCTCTTTCCCCAGgtagcttctgaaacatttttttatcaactaaaaaaagataaaggataaatatattttggtgtactcaatactgtttaatgatag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGTGGA