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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCAACCTACAAATCCTCCTGCTGATGCTCCACAAACAGCACAACCTGCTGCAGTTACCTCAGCTGGACCTAACGCTAATCCTTTAGACCTTTTTCCCCAGgtagctattacattgtttattattgaagagagaatgaaaccttttttttgggtgatacacttaactttgtgtgtaacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G24850.3
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|10254784|gb|BE822550.1|BE822550
EST:     ACCTAACGCTAATNNTTTAGANNTTTTTCCCCAG                         GGTCTCCCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT
genomic: ACCTAACGCTAATCCTTTAGACCTTTTTCCCCAGgtagctatta ... tgtgtaacagGGTCTCCCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT
EST: gi|192320974|gb|FK013490.1|FK013490
EST:     CAGTTACCTCAGCTGGACCTAACGCTAATCCTTTAGACCTTTTTCCCCAG                         GGTCTCCCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT
genomic: CAGTTACCTCAGCTGGACCTAACGCTAATCCTTTAGACCTTTTTCCCCAGgtagctatta ... tgtgtaacagGGTCTCCCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT
EST: gi|192320975|gb|FK013491.1|FK013491
EST:     CAGTTACCTCAGCTGGACCTAACGCTAATCCTTTAGACCTTTTTCCCCAG                         GGTCTCCCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT
genomic: CAGTTACCTCAGCTGGACCTAACGCTAATCCTTTAGACCTTTTTCCCCAGgtagctatta ... tgtgtaacagGGTCTCCCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT
EST: gi|4395777|gb|AI494774.1|AI494774
EST:     CAGTTACCTCAGCTGGACCTAACGCTAATCCTTTAGACCTTTTTCCCCAG                         GGTCTCCCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT
genomic: CAGTTACCTCAGCTGGACCTAACGCTAATCCTTTAGACCTTTTTCCCCAGgtagctatta ... tgtgtaacagGGTCTCCCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT
EST: gi|254324070|gb|GR840495.1|GR840495
EST:     CAGTTACCTCAGCTGGACCTAACGCTAATCCTTTAGACCTTTTTCCCCAG                         GGTCTCCCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT
genomic: CAGTTACCTCAGCTGGACCTAACGCTAATCCTTTAGACCTTTTTCCCCAGgtagctatta ... tgtgtaacagGGTCTCCCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT
EST: gi|19453172|gb|BM954582.1|BM954582
EST:     CAGTTACCTCAGCTGGACCTAACGCTAATCCTTTAGACCTTTTTCCCCAG                         GGTCTCCCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT
genomic: CAGTTACCTCAGCTGGACCTAACGCTAATCCTTTAGACCTTTTTCCCCAGgtagctatta ... tgtgtaacagGGTCTCCCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT
EST: gi|4396121|gb|AI495118.1|AI495118
EST:     CAGTTACCTCAGCTGGACCTAACGCTAATCCTTTAGACCTTTTTCCCCAG                         GGTCTCCCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT
genomic: CAGTTACCTCAGCTGGACCTAACGCTAATCCTTTAGACCTTTTTCCCCAGgtagctatta ... tgtgtaacagGGTCTCCCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT
EST: gi|254331167|gb|GR843286.1|GR843286
EST:     CAGTTACCTCAGCTGGACCTAACGCTAATCCTTTAGACCTTTTTCCCCAG                         GGTCTCCCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT
genomic: CAGTTACCTCAGCTGGACCTAACGCTAATCCTTTAGACCTTTTTCCCCAGgtagctatta ... tgtgtaacagGGTCTCCCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT
EST: gi|254324071|gb|GR840496.1|GR840496
EST:     CTTTTTCCCCAG                         GGTCT-CCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT
genomic: CTTTTTCCCCAGgtagctatta ... tgtgtaacagGGTCTCCCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT
EST: gi|254346641|gb|GR856363.1|GR856363
EST:     CAGTTACCTCAGCTGGACCTAACGCTAATCCTTTAGACCTTTTTCCCCAG                         GGTCTCCCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT
genomic: CAGTTACCTCAGCTGGACCTAACGCTAATCCTTTAGACCTTTTTCCCCAGgtagctatta ... tgtgtaacagGGTCTCCCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT
EST: gi|22525766|gb|BU084577.1|BU084577
EST:     CAGTTACCTCAGCTGGACCTAACGCTAATCCTTTAGACCTTTTTCCCCAG                         GGTCTCCCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT
genomic: CAGTTACCTCAGCTGGACCTAACGCTAATCCTTTAGACCTTTTTCCCCAGgtagctatta ... tgtgtaacagGGTCTCCCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT
EST: gi|21256745|gb|BQ453633.1|BQ453633
EST:     CAGTTACCTCAGCTGGACCTAACGCTAATCCTTTAGACCTTTTTCCCCAG                         GGTCTCCCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT
genomic: CAGTTACCTCAGCTGGACCTAACGCTAATCCTTTAGACCTTTTTCCCCAGgtagctatta ... tgtgtaacagGGTCTCCCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT
EST: gi|16995756|gb|BM085128.1|BM085128
EST:     CAGTTACCTCAGCTGGACCTAACGCTAATCCTTTAGACCTTTTTCCCCAG                         GGTCTCCCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT
genomic: CAGTTACCTCAGCTGGACCTAACGCTAATCCTTTAGACCTTTTTCCCCAGgtagctatta ... tgtgtaacagGGTCTCCCTAATGTGGGTTCTGGTGCTGCTGGTGCTGGTTCATTGGACTTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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TCAACCTACAAATCCTCCTGCTGATGCTCCACAAACAGCACAACCTGCTGCAGTTACCTCAGCTGGACCTAACGCTAATCCTTTAGACCTTTTTCCCCAGgtagctattacattgtttattattgaagagagaatgaaaccttttttttgggtgatacacttaactttgtgtgtaacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA