1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
GAAGAGGGTGTGAATATCACAGCCAACTCGGTCCATCCAGGAGTGATAATGACTCCTCTTATGAGACACTCATCTTACCTTATGCgtatgttaattccccttaagcacaaacaaactacacaggtagatgcacttttatttttaattacttctttgtaacgccaaaatgttattaattgcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G35630.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TCCAGGAGTGATAATGACTCCTCTTATGAGACACTCATCTTACCTTATGC ATTTCTTAAAGGTCTTCACCTTTTACATATGGAAGAACGTCCCCCAGEST: gi|10232766|gb|BE801654.1|BE801654
genomic: TCCAGGAGTGATAATGACTCCTCTTATGAGACACTCATCTTACCTTATGCgtatgttaat ... ttaattgcagATTTCTTAAAGGTCTTCACCTTTTACATATGGAAGAACGTCCCCCAG
EST: TCCAGGAGTGATAATGACTCCTCTTATGAGACACTCATCTTACCTTATGC ATTTCTTAAAGGTCTTCACCTTTTACATATGGAAGAACGTCCCCCATEST: gi|31310906|gb|CD396109.1|CD396109
genomic: TCCAGGAGTGATAATGACTCCTCTTATGAGACACTCATCTTACCTTATGCgtatgttaat ... ttaattgcagATTTCTTAAAGGTCTTCACCTTTTACATATGGAAGAACGTCCCCCAG
EST: TCCAGGAGTGATAATGACTCCTCTTATGAGACACTCATCTTACCTTATGC ATTTCTTAAAGGTCTTCACCTTTTACATATGGAAGAACGTCCCCCAGEST: gi|31465612|gb|CD407640.1|CD407640
genomic: TCCAGGAGTGATAATGACTCCTCTTATGAGACACTCATCTTACCTTATGCgtatgttaat ... ttaattgcagATTTCTTAAAGGTCTTCACCTTTTACATATGGAAGAACGTCCCCCAG
EST: TCCAGGAGTGATAATGACTCCTCTTATGAGACACTCATCTTACCTTATGC ATTTCTTAAAGGTCTTCACCTTTTACATATGGAAGAACGTCCCCCAGEST: gi|31561130|gb|CD486968.1|CD486968
genomic: TCCAGGAGTGATAATGACTCCTCTTATGAGACACTCATCTTACCTTATGCgtatgttaat ... ttaattgcagATTTCTTAAAGGTCTTCACCTTTTACATATGGAAGAACGTCCCCCAG
EST: TCCAGGAGTGATAATGACTCCTCTTATGAGACACTCATCTTACCTTATGC ATTTCTTAAAGGTCTTCACCTTTTACATATGGAAGAACGCCCCCCA-EST: gi|31474583|gb|CD416611.1|CD416611
genomic: TCCAGGAGTGATAATGACTCCTCTTATGAGACACTCATCTTACCTTATGCgtatgttaat ... ttaattgcagATTTCTTAAAGGTCTTCACCTTTTACATATGGAAGAACGTCCCCCAG
EST: TCCAGGAGTGATAATGACTCCTCTTATGAGACACTCATCTTACCTTATGC ATTTCTTAAAGGTCTTCACCTTTTACATATGGAAGAACGTCCCCCAGEST: gi|151409303|gb|EV279111.1|EV279111
genomic: TCCAGGAGTGATAATGACTCCTCTTATGAGACACTCATCTTACCTTATGCgtatgttaat ... ttaattgcagATTTCTTAAAGGTCTTCACCTTTTACATATGGAAGAACGTCCCCCAG
EST: TCCAGGAGTGATAATGACTCCTCTTATGAGACACTCATCTTACCTTATGC ATTTCTTAAAGGTCTTCACCTTTTACATATGGAAGAACGTCCCCCAGEST: gi|7234016|gb|AW569357.1|AW569357
genomic: TCCAGGAGTGATAATGACTCCTCTTATGAGACACTCATCTTACCTTATGCgtatgttaat ... ttaattgcagATTTCTTAAAGGTCTTCACCTTTTACATATGGAAGAACGTCCCCCAG
EST: TCCAGGAGTGATAATGACTCCTCTTATGAGACACTCATCTTACCTTATGC ATTTCTTAGAGGTCTTCACCTTTTACATATGGAAGAACGTCCNCCAGEST: gi|31459767|gb|CD401795.1|CD401795
genomic: TCCAGGAGTGATAATGACTCCTCTTATGAGACACTCATCTTACCTTATGCgtatgttaat ... ttaattgcagATTTCTTAAAGGTCTTCACCTTTTACATATGGAAGAACGTCCCCCAG
EST: TCCAGGAGTGATAATGACTCCTCTTATGAGACACTCATCTTACCTTATGC ATTTCTTAAAGGTCTTCACCTTTTACATATGGAAGAACGTCCCCCAGEST: gi|12689278|gb|BG155614.1|BG155614
genomic: TCCAGGAGTGATAATGACTCCTCTTATGAGACACTCATCTTACCTTATGCgtatgttaat ... ttaattgcagATTTCTTAAAGGTCTTCACCTTTTACATATGGAAGAACGTCCCCCAG
EST: ACTCATCTTACCTTATGC ATTTCTTAAAGGTCTTCACCTTTTACATATGGAAGAACGTCCCCCAG
genomic: ACTCATCTTACCTTATGCgtatgttaat ... ttaattgcagATTTCTTAAAGGTCTTCACCTTTTACATATGGAAGAACGTCCCCCAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GAAGAGGGTGTGAATATCACAGCCAACTCGGTCCATCCAGGAGTGATAATGACTCCTCTTATGAGACACTCATCTTACCTTATGCgtatgttaattccccttaagcacaaacaaactacacaggtagatgcacttttatttttaattacttctttgtaacgccaaaatgttattaattgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC