Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAAGTTGGATGACGAGATCAAGTCATGGCTAGCATTTGCTGCACAAAAAATTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTGgtaatataatttgattagatctgtttcctgaaaacaatgcagcatgctattaagtaaaaataagatcatattttaatataaatgttatattatataattc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G29180.2
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|13311463|gb|BG405114.1|BG405114
EST:     TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTG                         GCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCAGCTCAGGCTTCAAGGAAGTCCTCTCCA
genomic: TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTGgtaatataat ... tcattttcagGCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCAGCTCAGGCTTCAAGGAAGTCCTCTCCA
EST: gi|6566748|gb|AW234380.1|AW234380
EST:     TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTG                         GCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCAGCTCAGGCTTCAAGGAAGTCCTCTCCA
genomic: TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTGgtaatataat ... tcattttcagGCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCAGCTCAGGCTTCAAGGAAGTCCTCTCCA
EST: gi|209698329|gb|BW678060.1|BW678060
EST:     TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTG                         GCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCA
genomic: TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTGgtaatataat ... tcattttcagGCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCA
EST: gi|8283740|gb|BE021299.1|BE021299
EST:     TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTG                         GCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCAGCTCAGGCTTCAAGGAAGTCCTCTCCA
genomic: TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTGgtaatataat ... tcattttcagGCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCAGCTCAGGCTTCAAGGAAGTCCTCTCCA
EST: gi|6069807|gb|AW099413.1|AW099413
EST:     TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTG                         GCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCAGCTCAGGCTTCAAGGAAGTCCTCTCCA
genomic: TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTGgtaatataat ... tcattttcagGCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCAGCTCAGGCTTCAAGGAAGTCCTCTCCA
EST: gi|213588272|gb|DB981084.1|DB981084
EST:     TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTG                         GCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCAGCTCAGGCTTCAAGGAAGTCCTCTCCA
genomic: TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTGgtaatataat ... tcattttcagGCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCAGCTCAGGCTTCAAGGAAGTCCTCTCCA
EST: gi|16349493|gb|BI975088.1|BI975088
EST:     TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTG                         GCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCAGCTCAGGCTTCAAGGAAGTCCTCTCCT
genomic: TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTGgtaatataat ... tcattttcagGCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCAGCTCAGGCTTCAAGGAAGTCCTCTCCA
EST: gi|15662108|gb|BI699479.1|BI699479
EST:     TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAAGATGTG                         GCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCAGCTCANGCTTCAAGGAAGTCCTCTCCA
genomic: TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTGgtaatataat ... tcattttcagGCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCAGCTCAGGCTTCAAGGAAGTCCTCTCCA
EST: gi|14990337|gb|BI316010.1|BI316010
EST:     TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTG                         GCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCAGCTCAGGCTTCAAGGAAGTCCTCTCCA
genomic: TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTGgtaatataat ... tcattttcagGCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCAGCTCAGGCTTCAAGGAAGTCCTCTCCA
EST: gi|15288042|gb|BI471933.1|BI471933
EST:     TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTG                         GCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCAGCTCAGGCTTCAAGGAAGTCCTCTCCA
genomic: TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTGgtaatataat ... tcattttcagGCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCAGCTCAGGCTTCAAGGAAGTCCTCTCCA
EST: gi|9986863|gb|BE660971.1|BE660971
EST:     TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTG                         GCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCAGCTCANGCTTCAAGGAAGTCCTCTC-A
genomic: TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTGgtaatataat ... tcattttcagGCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCAGCTCAGGCTTCAAGGAAGTCCTCTCCA
EST: gi|10237721|gb|BE806609.1|BE806609
EST:     TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTG                         GCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCAGCTCAGGCTTCCAAG-AAGTCCTCTCC
genomic: TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTGgtaatataat ... tcattttcagGCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCAGCTCAGGCTTC-AAGGAAGTCCTCTCC
EST: gi|15812912|gb|BI785178.1|BI785178
EST:     TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTG                         GCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCAGCTCAGGCTTCAAGGAAGTCCTCTCCA
genomic: TTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTGgtaatataat ... tcattttcagGCCTTCTTCTCTGCTAATGCTGCAGCTCAGGCTTCAAGGAAGTCCTCTCCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAAGTTGGATGACGAGATCAAGTCATGGCTAGCATTTGCTGCACAAAAAATTGTTGAAGTTAACGCATTGGCTAAGGCATTGTCTGGCAACAAGGATGTGgtaatataatttgattagatctgtttcctgaaaacaatgcagcatgctattaagtaaaaataagatcatattttaatataaatgttatattatataattc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG