Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTATAATCCTTACTTTCCTGGTGGAGCAATTGCCATGCCTAAAATGCTTAATGATGGTGCTGTGGAATATGAAGATGGTACCCCTGCTACAGAAGCTCAGgtattatatttgtttctggaggaatggtttagtaaatcttcttacaaatagaaattggaaaaaatgtagctcattttattttaatgtttgttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G24620.2
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G24620.2 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os05g23620.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 7
TTATAATCCTTACTTTCCTGGTGGAGCAATTGCCATGCCTAAAATGCTTAATGATGGTGCTGTGGAATATGAAGATGGTACCCCTGCTACAGAAGCTCAGgtattatatttgtttctggaggaatggtttagtaaatcttcttacaaatagaaattggaaaaaatgt---agctcattttattttaatgtttgttgcag
||| ||||| ||||| |||||||| || || || ||||| || |||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||    | ||  |  ||      |||  |  || |  || | |||  | |   | | |  ||  |    |||    ||  | | |   | |    |||
TTACAATCCCTACTTCCCTGGTGGTGCCATAGCTATGCCCAAGATGCTTATAGATGGAGCTGTTGAATATGAAGATGGTACTCCTGCCACTGAAGCCCAGgta----agtttctaatgcgttgttgggctcttacag-ttgtgacatgttgggttagcattaagggcctaagcatgattgttgtcatcctctaccacag

upper sequence: GLYMA19G24620.2 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g70960.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 5
TTATAATCCTTACTTTCCTGGTGGAGCAATTGCCATGCCTAAAATGCTTAATGATGGTGCTGTGGAATATGAAGATGGTACCCCTGCTACAGAAGCTCAGgtattatatttgtttctggaggaatggtttagtaaatcttcttacaaa--tagaaattggaaaaaatgtagctcattttattttaatgtttgttgcag
||| ||||| ||||| |||||||| || || |||||||| || ||||||| |||||| || || || ||||||||||| || || ||||||||||| ||||||       ||||| ||        |     |  | | | |    ||  |     ||   |   | |||    | | | ||   ||||   ||| ||
TTACAATCCCTACTTCCCTGGTGGTGCCATAGCCATGCCCAAGATGCTTATTGATGGAGCAGTCGAGTATGAAGATGGCACTCCAGCTACAGAAGCCCAGgta--gctcctgtttttgagttgtctgcactctgcaccgtttagttaagctgtggtttatcactgaagtattagactattttcatatgtaaattgtag

upper sequence: GLYMA19G24620.2 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G158479_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
TTATAATCCTTACTTTCCTGGTGGAGCAATTGCCATGCCTAAAATGCTTAATGATGGTGCTGTGGAATATGAAGATGGTACCCCTGCTACAGAAGCTCAGgtattatatttgtt-tctggaggaatggtttagtaaatcttcttacaa-atagaaattggaaaaaatgtagctcattttattttaatgtttgttgcag
 || ||||| ||||| |||||||| || || |||||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||   ||  |||  | | ||    ||   |  | |||  |    ||  |   || || ||       |  ||||| ||   | |             
CTACAATCCCTACTTCCCTGGTGGTGCCATAGCCATGCCGAAGATGCTTAATGATGGAGCTGTTGAGTATGAGGATGGTACACCTGCAACTGAAGCCCAGgtaaactaactgtcatgttgattcctgtacttttgaattgtggggcaggactaaagtttga-------tcactcatattccctcag------------

upper sequence: GLYMA19G24620.2 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT3G27240.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 6
TTATAATCCTTACTTTCCTGGTGGAGCAATTGCCATGCCTAAAATGCTTAATGATGGTGCTGTGGAATATGAAGATGGTACCCCTGCTACAGAAGCTCAGgtattatatttgtttctggaggaatggtttagtaaatcttcttacaaatagaaattggaaaaaatgtagctcattttat----tttaatgtttgttgcag
 || |||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||  ||||| || ||||||||||||  ||| || ||||| || |||||  | | |      ||  |   ||       ||||||||  | |     |  | ||       |     ||||  |||    |||| | |  | |||||
CTACAATCCTTATTTCCCTGGGGGAGCAATTGCTATGCCGAAAATGCTCAATGATGAAGCTGTTGAGTATGAAGATGGTGTCCCCGCCACAGAGGCACAGgttatttttcctccacttaaaatataagaacataaatctttatgccttatggtactgtcctttctcagtgtcatgatataaactttactttacggtgcag

upper sequence: GLYMA19G24620.2 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT5G40810.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
TTATAATCCTTACTTTCCTGGTGGAGCAATTGCCATGCCTAAAATGCTTAATGATGGTGCTGTGGAATATGAAGATGGTACCCCTGCTACAGAAGCTCAGgt-attatatttgtttctggaggaatggttta------gtaaatcttcttacaaataga---------------aattggaaaaaatgtagctcattttattttaatg--tttgttgcag
 || |||||||| || |||||||||||||| || ||||| |||||||| || ||||  |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| | | |   | |   |     |||  |||        ||||  ||  |   | | ||               ||||  | ||  | ||  |  | || ||||||      || |||||
CTACAATCCTTATTTCCCTGGTGGAGCAATCGCTATGCCAAAAATGCTCAACGATGAAGCTGTGGAATATGAAGATGGAACTCCTGCAACAGAAGCACAGgttagttttcctctgcttaagaaaataatttgcagaccataaagttttatcagatttgacctttcctctgagtcaattatataatctttaatttttctttttttaaaaaacatgatgcag

upper sequence: GLYMA19G24620.2 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv14s0171g00330.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
TTATAATCCTTACTTTCCTGGTGGAGCAATTGCCATGCCTAAAATGCTTAATGATGGTGCTGTGGAATATGAAGATGGTACCCCTGCTACAGAAGCTCAGgtattatatttgtttctggaggaatggtttagtaaatcttc--ttacaaatagaaattggaaaaaatgt-----agctcattttattttaatgtt-tgttgcag
 || ||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| | |||||||||  | || |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||    | |    | ||  |        || |    |  |    |  || |  |  ||    ||  |||     |  | | | | ||  |   || || |||||
CTACAATCCTTACTTCCCTGGGGGTGCAATTGCTATGCCTAAAATGCTCATTGATGGTGCACTTGAGTATGAAGATGGTACGCCTGCAACAGAGGCTCAGgtgggttttcatctactctaattgcaacttgggtgcttcttaactgtaattgcatctttttcaaggtgttagaaaattgagtgtcttccataattctggtgcag

upper sequence: GLYMA19G24620.2 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv09s0002g05950.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
TTATAATCCTTACTTTCCTGGTGGAGCAATTGCCATGCCTAAAATGCTTAATGATGGTGCTGTGGAATATGAAGATGGTACCCCTGCTACAGAAGCTCAGgtattatatt-tgtttctggaggaatg-gtttagtaaatcttcttacaaatagaaattggaaaaaatgtagctcattttattttaatgtttgttgcag
 ||||||||||| || |||||||| ||||| || ||||| |||||||| |  ||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| || |||  ||  | || ||     | | |   ||| | |||| ||| |||  |  | |  |||||||| ||    ||   | || |||| ||| |   |||
CTATAATCCTTATTTCCCTGGTGGGGCAATAGCTATGCCCAAAATGCTCATCGATGGTGCTGTTGAGTATGAAGATGGTACCCCTGCCACAGAAGCACAAgtaacatcctgtgctttcaatgtattttattttgcaaat-ttcatactgaaggta--tggaaaaactgatattc---tcatcttaacgtt-ggcacag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193589866|gb|FK545230.1|FK545230
EST:     ATGATGGTGCTGTGGAATATGAAGATGGTACTCCTGCTACAGAAGCTCAG                         ATGGGGAAGGATGTTGTGTCATTCTTAACTTGGGCCGCCGAACCCGAGATG
genomic: ATGATGGTGCTGTGGAATATGAAGATGGTACCCCTGCTACAGAAGCTCAGgtattatatt ... tttgttgcagATGGGGAAGGATGTTGTGTCATTCTTAAGTTGGGCCGCCGAACCTGAGATG
EST: gi|298178076|gb|HO027459.1|HO027459
EST:     ATGATGGTGCTGTGGAATATGAAGATGGTACCCCTGCTACAGAAGCTCAG                         ATGGGGAAGGATGTTGTGTCATTCTTAAGTTGGGCCGCCGAACCTGAGATG
genomic: ATGATGGTGCTGTGGAATATGAAGATGGTACCCCTGCTACAGAAGCTCAGgtattatatt ... tttgttgcagATGGGGAAGGATGTTGTGTCATTCTTAAGTTGGGCCGCCGAACCTGAGATG
EST: gi|208300265|gb|GE098924.1|GE098924
EST:     ATGATGGTGCTGTGGAATATGAAGATGGTACTCCTGCTACAGAAGCTCAG                         ATGGGGAAGGATGTTGTGTCATTCTTAACTTGGGCCGCCGAACCCGAGATG
genomic: ATGATGGTGCTGTGGAATATGAAGATGGTACCCCTGCTACAGAAGCTCAGgtattatatt ... tttgttgcagATGGGGAAGGATGTTGTGTCATTCTTAAGTTGGGCCGCCGAACCTGAGATG
EST: gi|192304183|gb|FG996379.1|FG996379
EST:     ATGATGGTGCTGTGGAATATGAAGATGGTACCCCTGCTACAGAAGCTCAG                         ATGGGGAAGGATGTTGTGTCATTCTTAAGTTGGGCCGCCGAACCTGAGATG
genomic: ATGATGGTGCTGTGGAATATGAAGATGGTACCCCTGCTACAGAAGCTCAGgtattatatt ... tttgttgcagATGGGGAAGGATGTTGTGTCATTCTTAAGTTGGGCCGCCGAACCTGAGATG
EST: gi|105633944|gb|DW247307.1|DW247307
EST:     CCTGCTACAGAAGCTCAG                         ATGGGGAAGGATGTTGTGTCATTCTTAACTTGGGCCGCCGAACCCGAGATG
genomic: CCTGCTACAGAAGCTCAGgtattatatt ... tttgttgcagATGGGGAAGGATGTTGTGTCATTCTTAAGTTGGGCCGCCGAACCTGAGATG
EST: gi|151405823|gb|EV275638.1|EV275638
EST:     ATGATGGTGCTGTGGAATATGAAGATGGTACCCCTGCTACAGAAGCTCAG                         ATGGGGAAGGATGTTGTGTCATTCTTAAGTTGGGCCGCCGAACCTGAGATG
genomic: ATGATGGTGCTGTGGAATATGAAGATGGTACCCCTGCTACAGAAGCTCAGgtattatatt ... tttgttgcagATGGGGAAGGATGTTGTGTCATTCTTAAGTTGGGCCGCCGAACCTGAGATG
EST: gi|13240163|gb|BG359472.1|BG359472
EST:     ATGATGGTGCTGTGGAATATGAAGATGGTACCCCTGCTACAGAAGCTCAG                         ATGGGGAAGGATGTTGTGTCATTCTTAAGTTGGGCCGCCGAACCTGAGATG
genomic: ATGATGGTGCTGTGGAATATGAAGATGGTACCCCTGCTACAGAAGCTCAGgtattatatt ... tttgttgcagATGGGGAAGGATGTTGTGTCATTCTTAAGTTGGGCCGCCGAACCTGAGATG
EST: gi|254330991|gb|GR842256.1|GR842256
EST:     ATGATGGTGCTGTGGAATATGAAGATGGTACTCCTGCTACAGAAGCTCAG                         ATGGGGAAGGATGTTGTGTCATTCTTAACTTGGGCCGCCGAACCCGAGATG
genomic: ATGATGGTGCTGTGGAATATGAAGATGGTACCCCTGCTACAGAAGCTCAGgtattatatt ... tttgttgcagATGGGGAAGGATGTTGTGTCATTCTTAAGTTGGGCCGCCGAACCTGAGATG
EST: gi|193527999|gb|FK483501.1|FK483501
EST:     TGGAATATGAAGATGGTACCCCTGCTACAGAAGCTCAG                         ATGGGGAAGGATGTTGTGTCATTCTTAAGTTGGGCCGCCGAACCTGAGATG
genomic: TGGAATATGAAGATGGTACCCCTGCTACAGAAGCTCAGgtattatatt ... tttgttgcagATGGGGAAGGATGTTGTGTCATTCTTAAGTTGGGCCGCCGAACCTGAGATG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTATAATCCTTACTTTCCTGGTGGAGCAATTGCCATGCCTAAAATGCTTAATGATGGTGCTGTGGAATATGAAGATGGTACCCCTGCTACAGAAGCTCAGgtattatatttgtttctggaggaatggtttagtaaatcttcttacaaatagaaattggaaaaaatgtagctcattttattttaatgtttgttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTCA