1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
GGAGTGGAACACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcatttgtcccttttaacttataacttatccttattaattcctttccctttgtactctttagtcttgttacttttctattttatgttttttctctgtaatacttttgtgattcttttaagcaaatgaactgatgctgagaattgacaatgctatttttacata
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G03360.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCAACAGA GGTAAGTGCAAAACTCACAGCTTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGAEST: gi|193454073|gb|FK419184.1|FK419184
genomic: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: ATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTAGATGCAAGACTTAAAGAEST: gi|208210642|gb|GE011717.1|GE011717
genomic: ATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA GGTAAGTGCAAAACEST: gi|207716296|gb|GD697574.1|GD697574
genomic: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAAC
EST: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGGAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGAEST: gi|208327316|gb|GE118086.1|GE118086
genomic: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: GAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGAEST: gi|193349343|gb|FK316501.1|FK316501
genomic: GAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGAEST: gi|208278052|gb|GE073939.1|GE073939
genomic: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: GAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGAEST: gi|208336616|gb|GE135076.1|GE135076
genomic: GAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: TTGCTTTAGTAGTATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGAEST: gi|208311173|gb|GE102977.1|GE102977
genomic: TTGC-TTAG-AG-ATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGAEST: gi|208202192|gb|GD998319.1|GD998319
genomic: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGAEST: gi|207747114|gb|GD718335.1|GD718335
genomic: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGAEST: gi|193357719|gb|FK320565.1|FK320565
genomic: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: ACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCCATTAGCACCCTTGCCACAGA GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGAEST: gi|207761835|gb|GD734136.1|GD734136
genomic: ACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAA-CCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCAACAGA GGTAAGTGCAAAACTCACAGCTTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGEST: gi|193425604|gb|FK391691.1|FK391691
genomic: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAG
EST: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCAACAGA GGTAAGTGCAAAACTCACAGCTTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGAEST: gi|193324025|gb|FK291773.1|FK291773
genomic: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: CACTTGCTTAGAGATATGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGAEST: gi|193421468|gb|FK389627.1|FK389627
genomic: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGAEST: gi|193708925|gb|FK644603.1|FK644603
genomic: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
EST: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGA GGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
genomic: CACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcattt ... tttttacataGGTAAGTGCAAAACTCACAGCCTTGAAGGGTTTGGATGCAAGACTTAAAGA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGAGTGGAACACTTGCTTAGAGATGTGAAGGATACAACCATTAGCACCCTTGCCACAGAggtttcatttgtcccttttaacttataacttatccttattaattcctttccctttgtactctttagtcttgttacttttctattttatgttttttctctgtaatacttttgtgattcttttaagcaaatgaactgatgctgagaattgacaatgctatttttacata
- - - - - - - - - GAGATG