Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAGgtacaggtttgttatttctagtttacgtctgtttttgttcaaaaggaagttgatgcagttttatttttctcatcccctattgcgaatag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G00920.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192312177|gb|FK005662.1|FK005662
EST:     GGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAG                         ATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT
genomic: GGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAGgtacaggttt ... ttgcgaatagATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT
EST: gi|254326113|gb|GR840705.1|GR840705
EST:     GGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAG                         ATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT
genomic: GGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAGgtacaggttt ... ttgcgaatagATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT
EST: gi|208241879|gb|GE041073.1|GE041073
EST:     GGTGCTAGGCCAGGA-TTTTCCATGATGACAAGTCACAG-AAAAAG                         ATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCTAAT
genomic: GGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAGgtacaggttt ... ttgcgaatagATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTC-AAT
EST: gi|254326112|gb|GR840704.1|GR840704
EST:     GGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAG                         ATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT
genomic: GGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAGgtacaggttt ... ttgcgaatagATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT
EST: gi|193340774|gb|FK308731.1|FK308731
EST:     GGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAG                         ATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT
genomic: GGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAGgtacaggttt ... ttgcgaatagATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT
EST: gi|193613910|gb|FK562694.1|FK562694
EST:     AATGGGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAG                         ATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT
genomic: AATGGGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAGgtacaggttt ... ttgcgaatagATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT
EST: gi|9440085|gb|BE440596.1|BE440596
EST:     GGTGCTANGCCAGGATTTTTCCATGATGACTAGTCACAGGAAAAAG                         ATGCCACACGTGACAATGACTGGACATGT
genomic: GGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAGgtacaggttt ... ttgcgaatagATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGT
EST: gi|193342494|gb|FK306110.1|FK306110
EST:     GGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAG                         ATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT
genomic: GGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAGgtacaggttt ... ttgcgaatagATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT
EST: gi|193409098|gb|FK373228.1|FK373228
EST:     GGTGCTAGGCCAGGATTTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAG                         ATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT
genomic: GGTGCTAGGCCAGGATTTTT-CCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAGgtacaggttt ... ttgcgaatagATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT
EST: gi|193420265|gb|FK388245.1|FK388245
EST:     GGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAG                         ATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT
genomic: GGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAGgtacaggttt ... ttgcgaatagATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT
EST: gi|193429121|gb|FK393215.1|FK393215
EST:     GGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAG                         ATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT
genomic: GGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAGgtacaggttt ... ttgcgaatagATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT
EST: gi|58022050|gb|CX708791.1|CX708791
EST:     GGTGCTAGCCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAG                         ATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT
genomic: GGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAGgtacaggttt ... ttgcgaatagATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT
EST: gi|4289526|gb|AI441488.1|AI441488
EST:     AATGGGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAG                         ATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT
genomic: AATGGGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAGgtacaggttt ... ttgcgaatagATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT
EST: gi|207687590|gb|GD668947.1|GD668947
EST:     GGTGCTAGGCCAGGATTTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAG                         AATGCAACAACGTGACAATAGACTGGAC
genomic: GGTGCTAGGCCAGGATTTTT-CCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAGgtacaggttt ... ttgcgaatagA-TGCAACA-CGTGACAAT-GACTGGAC
EST: gi|192312176|gb|FK005661.1|FK005661
EST:     GGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAG                         ATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT
genomic: GGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAGgtacaggttt ... ttgcgaatagATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT
EST: gi|193357235|gb|FK321551.1|FK321551
EST:     GGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAA-G                         ATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT
genomic: GGTGCTAGGCCAGGATTTTTCCATGATGACAAGTCACAGAAAAAAGgtacaggttt ... ttgcgaatagATGCAACACGTGACAATGACTGGACATGTCCAAAATGTGGCAATGTCAATT