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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGATGACACCCTAGACTTGTTCAACGAGCTACAGTTGCAGCATCAAGCAGTAGCTACAAAGACTAAAACACTTCATGATGCATGTGACAGGCTGgtatgcttttgttacctatcacataaattctcagttttttgaagtgttggctggaatgattgcaaaacttatactgtaggctatgtttgccagtgatctc...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G04990.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G04990.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT1G73430.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 7
GTTGATGACACCCTAGACTTGTTCAACGAGCTACAGTTGCAGCATCAAGCAGTAGCTACAAAGACTAAAACACTTCATGATGCATGTGACAGGCTGgta-----tgcttttgttacctat-cacataaattctcagttttttgaagtgttggctggaatgattgcaaaacttatactgtaggctatgtttgccagtgatctc
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GTTGATGAAACACTTGACCTATTTAACGAACTGCAGCTACAACATCAAGGAGTAACAACAAAGACTAAAACTCTTCATGACGCATGTGACCGACTGgtaccgtttcctcttgtcttttatgcagcaagattatttattgtttctcttaatctcttgcatgttttcccgtcctac-ctgctatacataatcaa-aatga----

upper sequence: GLYMA17G04990.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv11s0016g00350.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 7
GTTGATGACACCCTAGACTTGTTCAACGAGCTACAGTTGCAGCATCAAGCAGTAGCTACAAAGACTAAAACACTTCATGATGCATGTGACAGGCTGgtatgcttttgttacctatcacataaattctcagttttttgaagtgttggctggaatgattgcaaaacttatactgtaggctatgtttgccagtgatctc
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GTGGATGCTACCCTTGACTTATTTAATGAACTACAACTGCAGCACCAAGCAGTAGCAACAAAGACTAAAACTCTTCATGATGCTTGTGACCGATTGgtatacttcttctctttnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn