Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTATGATGCGACAATTGAGGCTTATACTCCAAATGGTTATTATGTAAGCTATGACAATTGGGGTAATAAAGAAGAGgtaaggcttttaaaactacctgatgcaaatttgatctccattgcttctcatagggtgtcttatgtagtctatgcataaattttcctctaaattttttatt...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G00560.2
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22932382|gb|BU549521.1|BU549521
EST:     CTCCAAATGGTTATTATGTAAGCTATGACAATTGGGGTAATAAAGAAGAG                         GTTGATCCTGCCAATGTAAGGTCAATTCAAGAAGGTTCTGTTGATGCTTTA
genomic: CTCCAAATGGTTATTATGTAAGCTATGACAATTGGGGTAATAAAGAAGAGgtaaggcttt ... ttattaccagGTTGATCCTGCCAATGTAAGGTCAATTCAAGAAGGTTCTGTTGATGCTTTA
EST: gi|192298363|gb|FG992123.1|FG992123
EST:     CTCCAAATGGTTATTATGTAAGCTATGACAATTGGGGTAATAAAGAAGAG                         GTTGATCCTGCCAATGTAAGGTCAATTCAAGAAGGTTCTGTTGATGCTTTA
genomic: CTCCAAATGGTTATTATGTAAGCTATGACAATTGGGGTAATAAAGAAGAGgtaaggcttt ... ttattaccagGTTGATCCTGCCAATGTAAGGTCAATTCAAGAAGGTTCTGTTGATGCTTTA
EST: gi|13791187|gb|BG653778.1|BG653778
EST:     CTCCAAATGGTTATTATGTAAGCTATGACAATTGGGGTAATAAAGAAGAG                         GTTGATCCTGCCAATGTAAGGTCAATTCAAGAAGGTTCTGTTGATGCTTTA
genomic: CTCCAAATGGTTATTATGTAAGCTATGACAATTGGGGTAATAAAGAAGAGgtaaggcttt ... ttattaccagGTTGATCCTGCCAATGTAAGGTCAATTCAAGAAGGTTCTGTTGATGCTTTA
EST: gi|151411149|gb|EV280960.1|EV280960
EST:     CTCCAAATGGTTATTATGTAAGCTATGACAATTGGGGTAATAAAGAAGAG                         GTTGATCCTGCCAATGTAAGGTCAATTCAAGAAGGTTCTGTTGATGCTTTA
genomic: CTCCAAATGGTTATTATGTAAGCTATGACAATTGGGGTAATAAAGAAGAGgtaaggcttt ... ttattaccagGTTGATCCTGCCAATGTAAGGTCAATTCAAGAAGGTTCTGTTGATGCTTTA
EST: gi|9258723|gb|BE346870.1|BE346870
EST:     CTCCAAATGGTTATTATGTAAGCTATGACAATTGGGGTAATAAAGAAGAG                         GTTGATCCTGCCAATGTAAGGTCAATTCAAGAAGGTTCTGTTGATGCTTTA
genomic: CTCCAAATGGTTATTATGTAAGCTATGACAATTGGGGTAATAAAGAAGAGgtaaggcttt ... ttattaccagGTTGATCCTGCCAATGTAAGGTCAATTCAAGAAGGTTCTGTTGATGCTTTA
EST: gi|192306193|gb|FG995043.1|FG995043
EST:     CTCCAAATGGTTATTATGTAAGCTATGACAATTGGGGTAATAAAGAAGAG                         GTTGATCCTGCCAATGTAAGGTCAATTCAAGAAGGTTCTGTTGATGCTTTA
genomic: CTCCAAATGGTTATTATGTAAGCTATGACAATTGGGGTAATAAAGAAGAGgtaaggcttt ... ttattaccagGTTGATCCTGCCAATGTAAGGTCAATTCAAGAAGGTTCTGTTGATGCTTTA
EST: gi|192306183|gb|FG995033.1|FG995033
EST:     CTCCAAATGGTTATTATGTAAGCTATGACAATTGGGGTAATAAAGAAGAG                         GTTGATCCTGCCAATGTAAGGTCAATTCAAGAAGGTTCTGTTGATGCTTTA
genomic: CTCCAAATGGTTATTATGTAAGCTATGACAATTGGGGTAATAAAGAAGAGgtaaggcttt ... ttattaccagGTTGATCCTGCCAATGTAAGGTCAATTCAAGAAGGTTCTGTTGATGCTTTA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTATGATGCGACAATTGAGGCTTATACTCCAAATGGTTATTATGTAAGCTATGACAATTGGGGTAATAAAGAAGAGgtaaggcttttaaaactacctgatgcaaatttgatctccattgcttctcatagggtgtcttatgtagtctatgcataaattttcctctaaattttttatt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG