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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGAGACAATGATTGCGGGAGCCCCTTTTGTTCTTCCTCTTGCTCACAAACATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAGgtacttgagtccattatctagttacacacatttcactgagtatatcactctttgcatcttttttattgctttgaactttgaagcaatggatttattatttgcaccacttcatgctgctgttaatcactgattcttaaaggatttttctctgcacag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G10880.3
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|26269443|gb|CA820506.1|CA820506
EST:     ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAG                         TCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
genomic: ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAGgtacttgagt ... ctctgcacagTCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
EST: gi|23064172|gb|BU578945.1|BU578945
EST:     ATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAG                         TCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
genomic: ATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAGgtacttgagt ... ctctgcacagTCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
EST: gi|120491370|gb|EH219537.1|EH219537
EST:     ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAG                         TCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
genomic: ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAGgtacttgagt ... ctctgcacagTCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
EST: gi|13562679|gb|BG550899.1|BG550899
EST:     ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAG                         TCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACT
genomic: ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAGgtacttgagt ... ctctgcacagTCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACT
EST: gi|22522877|gb|BU081688.1|BU081688
EST:     ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAG                         TCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
genomic: ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAGgtacttgagt ... ctctgcacagTCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
EST: gi|20812913|gb|BQ297391.1|BQ297391
EST:     ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAG                         TCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
genomic: ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAGgtacttgagt ... ctctgcacagTCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
EST: gi|120495789|gb|EH223956.1|EH223956
EST:     ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAG                         TCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
genomic: ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAGgtacttgagt ... ctctgcacagTCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
EST: gi|120497234|gb|EH225401.1|EH225401
EST:     ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAG                         TCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
genomic: ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAGgtacttgagt ... ctctgcacagTCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
EST: gi|120529139|gb|EH257273.1|EH257273
EST:     ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAG                         TCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
genomic: ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAGgtacttgagt ... ctctgcacagTCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
EST: gi|120531755|gb|EH259888.1|EH259888
EST:     ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAG                         TCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATC-TTTTAAATGGA
genomic: ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAGgtacttgagt ... ctctgcacagTCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
EST: gi|22524610|gb|BU083421.1|BU083421
EST:     ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAG                         TCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
genomic: ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAGgtacttgagt ... ctctgcacagTCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
EST: gi|17962913|gb|BM269669.1|BM269669
EST:     AAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAG                         TCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
genomic: AAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAGgtacttgagt ... ctctgcacagTCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
EST: gi|10844582|gb|BF067838.1|BF067838
EST:     ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAG                         TCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
genomic: ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAGgtacttgagt ... ctctgcacagTCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
EST: gi|10844694|gb|BF070942.1|BF070942
EST:     ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAG                         TCTATCCAGGGGTTGCCAAAAGGTTGCTCTTAGGAAAATCCTTTTAACTGG
genomic: ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAGgtacttgagt ... ctctgcacagTCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGT-GCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGG
EST: gi|15288120|gb|BI472011.1|BI472011
EST:     ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAG                         TCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
genomic: ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAGgtacttgagt ... ctctgcacagTCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
EST: gi|6914782|gb|AW396312.1|AW396312
EST:     ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTGTTCAG                         TCGATGCCAGGG-TTGCCCAAGGGTGC
genomic: ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAGgtacttgagt ... ctctgcacagTCTAT-CCAGGGGTTGCCAAAGGGTGC
EST: gi|9204784|gb|BE331008.1|BE331008
EST:     ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAG                         TCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
genomic: ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAGgtacttgagt ... ctctgcacagTCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
EST: gi|22523177|gb|BU081988.1|BU081988
EST:     ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAG                         TCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
genomic: ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAGgtacttgagt ... ctctgcacagTCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
EST: gi|20811436|gb|BQ295914.1|BQ295914
EST:     ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAG                         TCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
genomic: ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAGgtacttgagt ... ctctgcacagTCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
EST: gi|9205303|gb|BE331527.1|BE331527
EST:     ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAG                         TCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
genomic: ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAGgtacttgagt ... ctctgcacagTCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
EST: gi|20813349|gb|BQ297827.1|BQ297827
EST:     ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAG                         TCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA
genomic: ATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAGgtacttgagt ... ctctgcacagTCTATCCAGGGGTTGCCAAAGGGTGCACTTAGGAAAATCCTTTTAACTGGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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AGAGACAATGATTGCGGGAGCCCCTTTTGTTCTTCCTCTTGCTCACAAACATAACATAAAAATTCTTCCCGCTGATTCGGAACATTCTGCAATTTTTCAGgtacttgagtccattatctagttacacacatttcactgagtatatcactctttgcatcttttttattgctttgaactttgaagcaatggatttattatttgcaccacttcatgctgctgttaatcactgattcttaaaggatttttctctgcacag

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