1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
CAAAATATTGGCATGAGATAATAGGAGGCTATGTACGTGCTTTACGCTGGAAGAAGATGAGATTAAGAAATGTTATGGACATGAGAGCTGGTTTTGGAGGgtattgtctttatcctatttcctttttcttgttataatatgaatttaggattttctgattagtattttcaatatatttgcgtgctttacag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA14G07190.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAGAAGATGAGATTAAGAAATGTTATGGACATGAGAGCTGGTTTTGGAGG ATTTGCAGCTGCACTGATTGATCAGAGTATGGACAGCTGGGTTATGAATGTEST: gi|298173382|gb|HO016718.1|HO016718
genomic: AAGAAGATGAGATTAAGAAATGTTATGGACATGAGAGCTGGTTTTGGAGGgtattgtctt ... tgctttacagATTTGCAGCTGCACTGATTGATCAGAGTATGGACAGCTGGGTTATGAATGT
EST: AAGAAGATGAGATTAAGAAATGTTATGGACATGAGAGCTGGTTTTGGAGG ATTTGCAGCTGCACTGATTGATCAGAGTATGGACAGCTGGGTTATGAATGTEST: gi|8402904|gb|BE058538.1|BE058538
genomic: AAGAAGATGAGATTAAGAAATGTTATGGACATGAGAGCTGGTTTTGGAGGgtattgtctt ... tgctttacagATTTGCAGCTGCACTGATTGATCAGAGTATGGACAGCTGGGTTATGAATGT
EST: AAGAAGATGAGATTAAGAGATGTTATGGACATGAGAGCTGGTTGTGGAGG ATTTGCAGCTGCACTGATTGATCAGAGTATGGACAGCTGGGTTATGAATGGEST: gi|27446192|gb|CA953315.1|CA953315
genomic: AAGAAGATGAGATTAAGAAATGTTATGGACATGAGAGCTGGTTTTGGAGGgtattgtctt ... tgctttacagATTTGCAGCTGCACTGATTGATCAGAGTATGGACAGCTGGGTTATGAATGT
EST: AAGAAGATGAGATTAAGAAATGTTATGGACATGAGAGCTGGTTTTGGAGG ATTTGCAGCTGCACTGATTGATCAGAGTATGGACAGCTGGGTTATGAATGT
genomic: AAGAAGATGAGATTAAGAAATGTTATGGACATGAGAGCTGGTTTTGGAGGgtattgtctt ... tgctttacagATTTGCAGCTGCACTGATTGATCAGAGTATGGACAGCTGGGTTATGAATGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CAAAATATTGGCATGAGATAATAGGAGGCTATGTACGTGCTTTACGCTGGAAGAAGATGAGATTAAGAAATGTTATGGACATGAGAGCTGGTTTTGGAGGgtattgtctttatcctatttcctttttcttgttataatatgaatttaggattttctgattagtattttcaatatatttgcgtgctttacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG