Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCACCTTGGGACGAAAATGTTGAGAATAAGTTTATCATCCACTATACATATGGATGTGACTATAATATGAAGgtgagttcattctccttaatgcaagtatgatgtgaaagtaaggtagagaaactatatttctgtggttagtattacttttgcagtttggcttatgcctgtccatgtataaaatgtgagtcttgcatgcttagttgttgtatgcctaagttatctactccttattacctcatccag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G03930.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA14G03930.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv06s0009g03360.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
CCACCTTGGGACGAAAATGTTGAGAATAAGTTTATCATCCACTATACATATGGATGTGACTATAATATGAAGgtgag---ttcattctccttaatgcaagtatgatgtgaaagtaaggtagagaaactatatttctgtggttagtattacttttgcagt-ttggcttatgcctgtccatgtataaaatgtgagtcttgcatgcttagttgttgtatgcctaagttatctactccttattacctcatccag
|| || |||||     | |||| ||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||| |    |||  ||||  |    ||| |    |      ||     |     | | ||||  ||   |  ||| | |  ||||  |  ||  ||||||||                                                                             
CCTCCATGGGATTTGGAAGTTGGGAAGAAGTTTATTATCCATTATACATATGGATGTGACTACAATTTGAAGgtaaaagattctctctctctctctcaactgctgttcactggttta-cattactattttattattgaaat-ggtagtgcacttgctttactgatttatgcctt----------------------------------------------------------------------------