Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AAGATGCCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatcctttctatacctgtacctgtaattttgtttattttttattgctttattttgctcacctcattactccttttgcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G36690.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151407354|gb|EV277169.1|EV277169
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|209711648|gb|BW671359.1|BW671359
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|58017492|gb|CX704234.1|CX704234
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|192301451|gb|FG998415.1|FG998415
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|9204958|gb|BE331182.1|BE331182
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTNTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|208049710|gb|GD847073.1|GD847073
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|193317756|gb|FK283682.1|FK283682
EST:     TGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: TGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|193487077|gb|FK450518.1|FK450518
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|209709690|gb|BW668226.1|BW668226
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|254316527|gb|GR828064.1|GR828064
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|209712186|gb|BW681392.1|BW681392
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|207690042|gb|GD673611.1|GD673611
EST:     GAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: GAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|209703002|gb|BW656059.1|BW656059
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|209725078|gb|BW659786.1|BW659786
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|207788375|gb|GD763265.1|GD763265
EST:     CCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|209705112|gb|BW653335.1|BW653335
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|208224182|gb|GE021325.1|GE021325
EST:     GCCAAGCTTGGTGGTAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: GCCAAGCTTGGTGG-AGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|213602820|gb|DB978151.1|DB978151
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|193665078|gb|FK612088.1|FK612088
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|208057003|gb|GD851252.1|GD851252
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|213588202|gb|DB984261.1|DB984261
EST:     CCAGAAAGTGAATGGCACAAG-CAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCAGAAAGTGAATGGCAC-TGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|209729014|gb|BW651766.1|BW651766
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|209712343|gb|BW671193.1|BW671193
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|192304319|gb|FG993575.1|FG993575
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATTTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|16997097|gb|BM086469.1|BM086469
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|209720747|gb|BW657749.1|BW657749
EST:     CAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|7146400|gb|AW508322.1|AW508322
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|193457922|gb|FK422876.1|FK422876
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|209721041|gb|BW666298.1|BW666298
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|193324892|gb|FK290190.1|FK290190
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|208279315|gb|GE073606.1|GE073606
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|58022604|gb|CX709345.1|CX709345
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|31474413|gb|CD416441.1|CD416441
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|26058332|gb|CA801246.1|CA801246
EST:     CAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|209719932|gb|BW666015.1|BW666015
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
EST: gi|213588753|gb|DB984322.1|DB984322
EST:     CCCAGAAAGTGAATGGCTCTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAG                         TGAGTCCGATGGATGATGGCAGATTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG
genomic: CCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatc ... ccttttgcagTGAGTCCGATGGATGATGGAATCTTCCATAGGATTCGATGCATGCGTTTGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AAGATGCCCAGAAAGTGAATGGCACTGCCAAGCTTGGTGGAGGTGAGGATGCAGAGgtgagtaatcctttctatacctgtacctgtaattttgtttattttttattgctttattttgctcacctcattactccttttgcag

- - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG