Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGATATGCTGGAGAAAACTGCTACTCTGTTTCGTCCAAAACTCATTGTTGCTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCCTCGTATGAGAAAAgtatgttttgtacttgtgcattttctggaattataaattactcatgatctaatatgtctctacattatatggttttcttcttggcaaaaagctaattacttcttatatgcatgggaag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G29410.2
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G29410.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv04s0008g00770.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
TGATATGCTGGAGAAAACTGCTACTCTGTTTCGTCCAAAACTCATTGTTGCTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCCTCGTATGAGAAAAgtatgttt---tgtacttgtgcattttctggaattataa-------attactcatgatctaa---tatgtctctacattat----------------------atggttttcttcttggcaaaaagctaattacttcttatatgcatgggaag
||| ||||| |||||||| |||| ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||| || ||||||||||| || |||||  |   |||| || ||| |  |||  ||| |||        | || | |  ||  ||   ||| | |||||||| |                      ||  |||| || ||     ||   || || |   | ||||||   | |||
TGACATGCTTGAGAAAACAGCTAATCTTTTTCGACCAAAACTCATTATTGCTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGAGATTTTGATTATCCTCGTATGAGGAAGgtatgggtatatgtagttatgcttgctcttcaatgatagtactcttagtaataagtattcaaatgtatttttctacattttctttaaattcgtttttttccctatttttttttttttaatctaatattagttgcacttgatatgctctgaaag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193641953|gb|FK590259.1|FK590259
EST:     CTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCCTCGTATGAGAAAA                         ATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTT
genomic: CTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCCTCGTATGAGAAAAgtatgttttg ... gcatgggaagATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTT
EST: gi|18039880|gb|BM308174.1|BM308174
EST:     CTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCCTCGTATGAGAAAA                         ATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGGCTCATATAAGT
genomic: CTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCCTCGTATGAGAAAAgtatgttttg ... gcatgggaagATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGGCTCATATAAGT
EST: gi|254335574|gb|GR847102.1|GR847102
EST:     CTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCCTCGTATGAGAAAA                         ATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGGCTCATATAAGT
genomic: CTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCCTCGTATGAGAAAAgtatgttttg ... gcatgggaagATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGGCTCATATAAGT
EST: gi|298190143|gb|HO032264.1|HO032264
EST:     CTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCCTCGTATGAGAAAA                         ATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGGCTCATATAAGT
genomic: CTGGTGCTAGTGCTTATCCTCGGGACATTGACTACCCTCGTATGAGAAAAgtatgttttg ... gcatgggaagATTGCAGATGAAGTAGGTGCTTTTCTTATGATGGATATGGCTCATATAAGT