Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttcactatcttcagttgcatatattaaatattcttcaaacagcctgaatgcgaatttagtttttcttcaaggatgggtttgttacacagtacaa...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G26260.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G26260.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os03g59700.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttcactatcttcagttgcatatatt----aaatattcttcaaacagcctgaatgcgaatttagttt--ttcttcaaggatgggtttgttacacagtacaa
||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||| | | |   || || | |    | |  |     |  |   ||| |||||| || |   |  |  ||| |  || || |   |  |  |   || |        
TTCTTTATAACTTGTGCAAAATGTGAATGGCTGGACAACAAGCATGTGGTTTTTGGGgtaagttccctcattttgaatgctttgtgctctcggagcaacattccaacagcatgtacttgtctacagtatgtttttttacttacagagtaaatatatg------

upper sequence: GLYMA13G26260.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G057329_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 6
TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttcactatcttcagttgcatatattaaatattcttcaaacagcctgaatgcgaatttagtttttcttcaaggatgggtttgt-tac--acagtacaa-----
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||| |||   ||||  ||| |   ||      | |   ||||  |   | |  ||||  |||||  | |||| |||  | ||  |||  ||||||  |     
TTCTTTATAACATGTGCAAAGTGTGACTGGCTTGACAACAAACATGTGGTATTTGGGgtaagctt-acttgattcaaatgcttccttt------tttgtgaacactccttaggataatt-ggttttattgcaagtatgtatatgcatacctacagtattagggtt

upper sequence: GLYMA13G26260.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT2G38730.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 5
TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttcactatcttcagttgcatatattaaatattcttca---aacagcctgaatgcgaatttagtt----tttcttcaaggatgggtttgttacacagtacaa
||||| || || ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |    |      | ||   | | |||   ||    |    || ||  |  ||       |  ||    |||||||     ||  |||| |  ||||     
TTCTTCATCACTTGTGCAAAATGCGATTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtacgttctctttaagctatttaattttcttatgcatatgaccggtaatagtattgatatatgactcattgcaatttcttcttt--tgattttgatgtacag-----

upper sequence: GLYMA13G26260.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv13s0084g00620.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 5
TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttcactatcttcagt----tgcatatattaaatattcttcaaacagcctgaatgcgaatttagtttttcttcaaggatgggtttgttacacagtacaa
|||||||| |||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| |     ||||   |     ||  |   ||  | | ||||  || |  |||||  | ||  || | | ||||  |  |      |||       |    
TTCTTTATCACATGCTCGAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTGGTATTCGGGgtatgttctctaatctcttgccctctgggttctttgtaaagtctttcaatatgctgaaaccaaaaatattatgtcttttacaagaccaatgtctgttctt----

upper sequence: GLYMA13G26260.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: EFJ31848 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 6
TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatg--cttcactatcttcagttgcatatattaaatatt-cttcaaacagcctgaatgcgaatttagtttttcttcaaggatgggtttgttacacagtacaa
||||||||||| || || ||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| ||| |  |||| | | ||| || |||| |  | |     |  ||    |||                                                    
TTCTTTATAACTTGCGCCAAATGCGACTGGCTCGACAACAAGCATGTGGTGTTTGGAgtaagttcttctcaaacttgagctgcaaaactcatgctctattttttccag----------------------------------------------------

upper sequence: GLYMA13G26260.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: EFJ38013 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 6
TTCTTTATAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatg--cttcactatcttcagttgcatatattaaatatt-cttcaaacagcctgaatgcgaatttagtttttcttcaaggatgggtttgttacacagtacaa
||||||||||| || || ||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| ||| |  |||| | | ||| || | || |  | |     |  ||    |||                                                    
TTCTTTATAACTTGCGCCAAATGCGACTGGCTCGACAACAAGCATGTGGTGTTTGGAgtaagttcttctcaaacttgagctacaaaactcatgctctattttttccag----------------------------------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58015177|gb|CX701919.1|CX701919
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|58025427|gb|CX712168.1|CX712168
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|298164520|gb|HO014165.1|HO014165
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGT
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGT
EST: gi|151408761|gb|EV278569.1|EV278569
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|298179325|gb|HO027796.1|HO027796
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|298174291|gb|HO017627.1|HO017627
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|58021016|gb|CX707758.1|CX707758
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|298170313|gb|HO018937.1|HO018937
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|31561148|gb|CD486986.1|CD486986
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|58024086|gb|CX710827.1|CX710827
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|209704174|gb|BW664792.1|BW664792
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGTA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|298180377|gb|HO025578.1|HO025578
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|193639764|gb|FK590093.1|FK590093
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|16348066|gb|BI973661.1|BI973661
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|254335396|gb|GR846893.1|GR846893
EST:     CTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: CTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|208315861|gb|GE110605.1|GE110605
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|298172532|gb|HO019572.1|HO019572
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|151393429|gb|EV263304.1|EV263304
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|298183104|gb|HO028367.1|HO028367
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGT
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGT
EST: gi|163923182|gb|EH038294.1|EH038294
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|209704173|gb|BW664791.1|BW664791
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGA
EST: gi|58021929|gb|CX708670.1|CX708670
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
EST: gi|192298333|gb|FG992108.1|FG992108
EST:     TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGG                         AGAGTGCTTGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA
genomic: TAACATGTGCAAAATGTGACTGGCTTGACAACAAGCATGTTGTCTTTGGGgtatgcttca ... ctttatgcagAGAGTGCTGGGAGATGGTCTTTTGGTTGTCAGGAAGATTGAGAACGTGGCA