Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTGATCTTTGTATATGTGGAAATGGATAACGAAGATGTTGGAAAGCCTGTTTCAGAATACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCAAAAgtatttgtttcttccctgctctaatttttttaatgataagtaatgaaattcattacattaaatattacatcctttatataatttggaagtatatttaagtaaccagttgaatttccaatatag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G29550.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G29550.1 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: Vv06s0004g02890.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 6
TTGATCTTTGTATATGTGGAAATGGATAACGAAGATGTTGGAAAGCCTGTTTCAGAATACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCAAAAgtatttgtttcttccctgctctaatttttttaatgataagtaatgaaattcattacattaaatattacatcctttatataatttggaagta--tatttaagtaaccagt-tgaatttccaatatag
 | ||||||||||| || |||||||| || |||||  |||||| |||||||||||| || |||||  ||| |||| ||||||| |||||| || | || | ||| ||| ||   | ||  |   | | | |    ||   ||   | || | |   |  || | ||   | | || ||    ||||| | ||     |   ||||||      
ATTATCTTTGTATACGTAGAAATGGACAATGAAGAAATTGGAAGGCCTGTTTCAGATTATTTTGGGGTCACTGGGGATGCTCCCAAAgtactt-tctcctaccttctccaagactgttcctttcatgcatttgtgtt-gctattctgaacaattattgtttgacatgtgtagaaaataaccttttaaattacattcattgctttccag-----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|120534021|gb|EH262154.1|EH262154
EST:     ATGCTCCAAAA                         GTACTTGGGTACACTGGGAATGATGATGGNNNNNNNTTTGTGCTTGATGGA
genomic: ATGCTCCAAAAgtatttgttt ... tccaatatagGTACTTGGGTACACTGGGAATGATGATGGAAAAAAATTTGTGCTTGATGGA
EST: gi|58017030|gb|CX703772.1|CX703772
EST:     TTTCAGAATACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCAAAA                         GTACTTGGGTACACTGGGAATGATGATGGNNNNNNNTTTGTGCTTGATGGA
genomic: TTTCAGAATACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCAAAAgtatttgttt ... tccaatatagGTACTTGGGTACACTGGGAATGATGATGGAAAAAAATTTGTGCTTGATGGA
EST: gi|21889841|gb|BQ743054.1|BQ743054
EST:     TTGGAAAGCCTGTTTCAGAATACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCAAAA                         GTACTTGGGTACACTGGGAATGATGATGGNNNNNNNTTTGTGCTTGATGGA
genomic: TTGGAAAGCCTGTTTCAGAATACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCAAAAgtatttgttt ... tccaatatagGTACTTGGGTACACTGGGAATGATGATGGAAAAAAATTTGTGCTTGATGGA
EST: gi|19052857|gb|BM731524.1|BM731524
EST:     TTGGAAAGCCTGTTTCAGAATACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCAAAA                         GTACTTGGGTACACTGGGAATGATGATGGNNNNNNNTTTGTGCTTGATGGA
genomic: TTGGAAAGCCTGTTTCAGAATACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCAAAAgtatttgttt ... tccaatatagGTACTTGGGTACACTGGGAATGATGATGGAAAAAAATTTGTGCTTGATGGA
EST: gi|9902983|gb|BE611951.1|BE611951
EST:     TTGGAAAGCCTGTTTCAGAATACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCAAAA                         GTACTTGGGTACACTGGGAATGATGATGGNNNNNNNTTTGTGCTTGATGGA
genomic: TTGGAAAGCCTGTTTCAGAATACTTTGGTATCAGTGGGAATGCTCCAAAAgtatttgttt ... tccaatatagGTACTTGGGTACACTGGGAATGATGATGGAAAAAAATTTGTGCTTGATGGA
EST: gi|57575124|gb|CX548099.1|CX548099
EST:     TCAGTGGGAATGCTCCAAAA                         GTACTGGGGTACACTGGGAATGATGATGGNNNNNNNTTTGTGCTTGATGGA
genomic: TCAGTGGGAATGCTCCAAAAgtatttgttt ... tccaatatagGTACTTGGGTACACTGGGAATGATGATGGAAAAAAATTTGTGCTTGATGGA