Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggtctgcattgttcttgtacacatcattgcttcatgtacatatgccaccatgataatggaggactactaaaatcaaattcttcctaccggaca...

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G15470.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G15470.2 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: LOC_Os01g10840.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 6
GTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggtctgcattgttcttgtacacatc---attgcttcatgtacatatgccaccatgataatggaggactactaaaatcaaattcttcctaccggaca
||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| | | ||   ||       |  ||    | | || |||||    ||  |  ||  || |||  | ||| | | |       |  | ||   |   
GTTGATCCTCTCACTCATCAAGTCAAGCTATGTGACTTTGGAAGTGCAAAGGTTCTGgtatgttgatttccacccttaagagtaatttctcagtggtttgatgtatgc-tgaaattattctagtggtaggctagtcataatgttgacagcataagtgg--

upper sequence: GLYMA12G15470.2 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G045330_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 6
GTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggtctgcattgttcttgtacacatcattgcttcatgtacatatgccaccatgataatggaggactactaaaatcaaattcttcctaccggaca----
||| ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| | | | ||  ||  | |    |  |  | || | |   | |   |   |  |  |  |  | || |   ||||||   ||  |   |  ||    
GTTGATCCTCTCACCCACCAGGTCAAGCTCTGTGACTTTGGTAGTGCAAAAGTTCTGgtatgttgtttttctttcctcgaggatctgtagtcacatccttt---tgttttatgctcttttttaaaaa-tattgttatcaaaggtttaatcatgtgcagtta

upper sequence: GLYMA12G15470.2 (Glycine max), 5'ss of exon 6
lower sequence: GRMZM2G045330_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 5
-------------------------------------------GTTCATCCTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggtctgcattgttcttgtacacatcattgcttcatgtacatatgccaccatgataatggaggactactaaaatcaaattcttcctaccggaca----
                                           ||| ||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| | | | ||  ||  | |    |  |  | || | |   | |   |   |  |  |  |  | || |   ||||||   ||  |   |  ||    
AATTAGTTCTGAATTGGTCTCGTCGTCTCTCTTTGATGTACAGGTTGATCCTCTCACCCACCAGGTCAAGCTCTGTGACTTTGGTAGTGCAAAAGTTCTGgtatgttgtttttctttcctcgaggatctgtagtcacatccttt---tgttttatgctcttttttaaaaa-tattgttatcaaaggtttaatcatgtgcagtta

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208291209|gb|GE092863.1|GE092863
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTT
EST: gi|10237492|gb|BE806380.1|BE806380
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: gi|193547442|gb|FK501939.1|FK501939
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: gi|193519296|gb|FK473171.1|FK473171
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: gi|208175296|gb|GD975963.1|GD975963
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: gi|37994214|gb|CF805960.1|CF805960
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTNTGGGAGTGCCANAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATAT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATAT
EST: gi|192301989|gb|FG995159.1|FG995159
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGCTACTATCGGGCT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: gi|193431643|gb|FK395149.1|FK395149
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: gi|193309170|gb|FK273990.1|FK273990
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAA
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAA
EST: gi|193514122|gb|FK466980.1|FK466980
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: gi|208039137|gb|GD834645.1|GD834645
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: gi|193345633|gb|FK313744.1|FK313744
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: gi|22525206|gb|BU084017.1|BU084017
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTTCTATCGGGCT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: gi|208072046|gb|GD871504.1|GD871504
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: gi|208294438|gb|GE091681.1|GE091681
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: gi|254341725|gb|GR852862.1|GR852862
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: gi|19935688|gb|BQ080542.1|BQ080542
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: gi|193588938|gb|FK540980.1|FK540980
EST:     CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
genomic: CTCTTACTCACCAAGTTAAGCTATGTGATTTTGGGAGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
EST: gi|208096558|gb|GD892867.1|GD892867
EST:     AGTGCCAAAGTTCTG                         GTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT
genomic: AGTGCCAAAGTTCTGgtatgttggt ... tttatatcagGTCAAGGGTGAATCAAACATTTCATACATATGTTCACGTTACTATCGGGCT